VACHE  Aubrac. © SLAGMULDER Christian

La génomique haut débit : un domaine en mutation accélérée

La génomique, apparue dans les années 1990, est née d’un changement d’échelle de la génétique moléculaire, passant de l’étude d’un gène ou d’une petite fraction du génome à celle du génome dans son ensemble. Mobilisant des compétences en biologie animale, bio-informatique et mathématiques appliquées pour générer et exploiter les nouvelles données, la génomique a renouvelé les questionnements scientifiques de la biologie, avec l’espoir d’approcher le fonctionnement des organismes vivants dans toute sa complexité et de répondre par la sélection génomique aux défis posés à l’élevage.

«D’une technologie de sélection génomique pressentie comme « prometteuse » en 2001, nous sommes passés en moins de dix ans à la mise en marché des semences du premier taureau choisi grâce à cette technologie ! L’Inra, au même titre que de nombreuses unités de recherche à l’étranger, a vécu une véritable révolution entre 2001 et 2010, une rupture dans ses recherches en génomique mais également en sélection, chez les professionnels des filières animales. Ensemble, nous avons généré des marges de progrès énormes et sécurisé le passage de l’innovation au marché. Très peu de découvertes en recherche fondamentale ont été appliquées aussi rapidement. L’Inra a été visionnaire en s’y engageant résolument», explique Christian Huyghe, directeur scientifique adjoint de l’Inra et président du Gis Agenae.

Au début des années 2000, la génomique - telle qu’on la conçoit aujourd’hui -, n’en est en effet qu’à ses prémices : le génome de l’homme et celui de la souris sont séquencés mais ceux des espèces d’élevage ne le sont pas encore. Les travaux consistent alors essentiellement à les cartographier aussi finement que possible et à tirer profit des comparaisons avec celui de l’homme. Avec l’évolution des techniques, l’Inra s’est lancé dans la course au séquençage de la vache, de la poule, du cheval, du cochon, de la chèvre et de la truite. L’arrivée des technologies à haut puis très haut débit, couplée à une diminution des coûts permet d’envisager le séquençage d’un grand nombre d’individus, pour accéder à l’intégralité de la variabilité génétique.

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UMR0085 PRC Physiologie de la Reproduction et des Comportements