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Un code-barres pour les champignons

Des scientifiques* ont déterminé un gène type permettant l'identification moléculaire standardisée à très large échelle ("barcoding") des champignons. Fruit de recherches d’un consortium international, le « Fungal Barcoding Consortium », rassemblant près de 160 scientifiques dont des chercheurs de l’Inra et du Muséum National d’Histoire Naturelle, cette avancée offrira la possibilité à court terme de dénombrer et d'identifier automatiquement l'ensemble des espèces présentes dans un habitat donné.

Gloméromycètes. © © Inra
Par Service de presse
Mis à jour le 17/04/2014
Publié le 25/07/2012

Des efforts similaires avaient déjà été entrepris pour les animaux et les plantes, pour lesquels on avait choisi d'autres gènes de référence. Le "barcoding" permettra d'analyser facilement la biodiversité des organismes en déterminant des séquences de l'ADN présentes dans un échantillon donné. Une telle approche est particulièrement utile pour les champignons, parce qu'ils se développent pour la plus grande partie de leur vie sous forme de filaments microscopiques, cachés dans le sol ou dans d'autres substrats, donc difficiles à identifier et à quantifier. En utilisant des techniques de biologie moléculaire, les séquences ADN d’un échantillon sont mises en présence des gènes type répertoriés, chacun étant spécifique d’une espèce (Internal Transcribed Spacers, ITS). La correspondance entre séquences permet l’identification d’une espèce présente.

L’équipe de l’Inra Dijon est spécialiste d'un groupe de champignons, les Gloméromycètes, qui s’associent en symbioses bénéfiques avec des plantes pour former les mycorhizes. Les mycorhizes sont extrêmement importantes pour la croissance des plantes car elles améliorent la nutrition minérale (azote, phosphore, eau…) de leurs plantes-hôtes. Grâce à leurs filaments interconnectés entre individus, leur action peut s’étendre à tout un écosystème, et ainsi réguler les flux de carbone et de minéraux sur une large zone.

La contribution des chercheurs de l’Inra a été la production de séquences d'ADN de Gloméromycètes. Ce groupe comporte 200 espèces connues et ainsi ne représente qu'une relativement petite partie de la diversité des champignons, mais très importante d’un point de vue écologique. Les séquences d'ADN de souches fongiques ont été fournies par les experts en mycologie. Les travaux du groupe de recherche de l’Inra ont été soutenus par le Fonds National de Recherche Suisse et le Conseil Régional de Bourgogne.

* Travail dirigé par le Dr. Conrad Schoch du National Center for Biotechnology Information (USA), et réalisé par le "Fungal Barcoding Consortium" qui réunit 74 laboratoires (25 pays) dont deux laboratoires français : le Muséum National d’Histoire Naturelle à Paris et l'UMR 1347 Agroécologie (INRA/AgroSup/Université de Bourgogne) de Dijon.

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Santé des plantes et environnement
Centre(s) associé(s) :
Dijon Bourgogne Franche-Comté