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couverture livre metagenomique. © Quae

La métagénomique, développements et futures applications

Après l'ère de la génomique, la métagénomique permet d'obtenir en peu de temps des données abondantes pour caractériser génétiquement un échantillon de microbes issus d'un environnement complexe. Cet ouvrage a pour objectif d’éclairer des professionnels et des scientifiques non avertis sur les possibilités qu’elle offre dans les différents domaines que sont l’agriculture, l’environnement, l’agroalimentaire et la santé.

Mis à jour le 25/02/2015
Publié le 19/02/2015

La métagénomique étudie le contenu génétique d'un échantillon complexe, issu du milieu vivant : microbes de l'intestin, du sol, de l'eau... Elle a envahi le domaine de la biologie car elle permet l'extraction de données abondantes, via le séquençage direct de l’ADN, en repoussant les limites imposées par le passage par des cultures microbiennes effectuées en laboratoire. Elle se caractérise par une production rapide et massive de données, et des traitements informatiques conséquents pour en retirer une information exploitable.

Cet ouvrage fait le point sur les différentes technologies, et sur les méthodes de production et d’analyses de données actuellement disponibles dans ce domaine. Il présente le panel des champs d’applications — agriculture, environnement, agroalimentaire et santé — qui bénéficient de l’apport de ces techniques pour mieux décrypter la diversité du monde vivant microbiologique.

Fruit de plusieurs auteurs et coordonné par deux chercheurs de l'Inra, ce livre aborde successivement les thématiques suivantes :
- Techniques et matériels pour la production des données brutes de séquençage métagénomique
- Analyse des données, logiciels, transformation des data en information, utilisation et modélisation des données
- Découverte de nouvelles fonctions et familles protéiques : nouveaux défis pour les biotechnologies et l’écologie microbienne
- Microbiote intestinal et typage
- Communautés microbiennes des aliments
- Microbiome du sol
- Métagénomique environnementale
- Microbiomes de la phyllosphère.

Un dernier chapitre propose une synthèse et une remise en contextes. Chaque partie du livre contient des références bibliographiques.

Quelle que soit leur spécialité en sciences de la vie ou de la Terre, ce livre permettra aux étudiants, enseignants, chercheurs ou ingénieurs, de comprendre ces nouvelles approches, leurs mises en œuvre et leurs limites.

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"La métagénomique - Développements et futures applications"

Editions Quae, collection Savoir faire – 2015, 120 p., 27 €, 17,99 € en version numérique.

Une coordination assurée par :

Marie Christine Champomier-Vergès, docteur en microbiologie, directrice de recherche à l’Inra. Au sein de l’unité Microbiologie de l’alimentation au service de la santé (Micalis - Jouy en Josas), elle dirige une équipe de recherches sur l’analyse de l’écosystème des produits carnés, par la métagénomique et la métatranscriptomique. Leurs travaux sont tournés vers l’innovation pour le développement des approches de bioconservation de ces produits.

Monique Zagorec, docteur en génétique moléculaire, directrice de recherche à l’Inra dans l’unité Sécurité des aliments et microbiologie (Secalim - Nantes). Après avoir travaillé sur la bactérie lactique emblématique de la viande, Lactobacillus sakei, ses recherches portent aujourd’hui sur les communautés bactériennes des aliments carnés, en particulier sur la viande de volaille pour en améliorer la salubrité et la sécurité microbiologique.