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10 millions de gènes de bactéries intestinales : le plus grand catalogue de référence

Depuis quelques années, les recherches sur les bactéries du tube digestif (microbiote intestinal) confortent le rôle majeur de ces dernières sur notre santé. Un consortium international dont fait partie l’Inra a constitué la banque de données la plus complète en gènes de ces bactéries. Regroupant presque 10 millions de gènes, ce catalogue servira de référence pour l’ensemble des recherches sur les bactéries qui colonisent notre tube digestif.

Illustration catalogue gènes. © Inra
Par Inra Presse
Mis à jour le 07/01/2015
Publié le 24/10/2014

Les recherches sur le microbiote intestinal (ensemble des bactéries du tube digestif) se développent fortement depuis quelques années, notamment grâce aux nouvelles technologies de séquençage. Qualifié de « nouvel organe » et composé de 100 000 milliards de bactéries, dix fois plus que le nombre de cellules du corps humain, le microbiote intestinal entretient des liens directs avec le système immunitaire et le cerveau ; il est un acteur majeur de maladies chroniques telles que l’obésité et le diabète de type 2. Cependant, les recherches dans le domaine dépendent de l’accès à des banques de données (ou catalogues) de gènes de référence, notamment pour identifier le rôle de gènes bactériens. Or, les rares catalogues existant étaient jusqu’à présent constitués à partir d’un échantillon limité d’individus et d’origines géographiques restreintes.

Des chercheurs de l’Inra, dans le cadre du consortium international MetaHIT, ont élaboré un catalogue de gènes bactériens qui rassemble des catalogues préexistants (européen, américain, chinois), et l’ont enrichi par de nouveaux séquençages. Au-delà de la ressource inégalée que représente ce catalogue, les analyses révèlent qu’il contient les gènes bactériens, et par extension les fonctions de ces gènes, les plus répandus au sein de la population mondiale. Avec 10 millions de gènes, ce nouveau catalogue constitue la meilleure représentation de la composition microbienne intestinale à travers le monde.

La majorité des gènes (environ 6 millions) n’est en revanche partagée que par 1% de la population et ces gènes sont ainsi considérés comme des gènes rares. Si aujourd’hui les données sont assez abondantes sur les gènes les plus communs entre individus, les recherches futures s’attelleront davantage à déterminer l’importance et le rôle de ces gènes rares.

Grâce à ce catalogue, il est possible de caractériser les gènes les plus importants cliniquement, notamment en lien avec des pathologies comme le diabète de type 2, la cirrhose du foie, les maladies cardiovasculaires et certains cancers. Il permet également d’avoir une vision plus complète des déséquilibres du microbiote intestinal (dysbiose) en particulier lors de traitements médicaux.

Le catalogue est en accès libre sur le site http://meta.genomics.cn/

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

Contact(s) presse :
Inra Presse (01 42 75 91 86)

Référence

Junhua Li et al. An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome. Nature Biotechnology, 6 juillet 2014. DOI: 10.1038/nbt.2942