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IHMS - International Human Microbiome Standards

A l’heure où fleurissent les initiatives en matière de décryptage du génome des communautés bactériennes associées à l’homme, un nouveau projet européen vise à harmoniser les pratiques et à faciliter la comparaison de données entre projets d’origines différentes. Ce projet lancé le 1er février dernier pour 4 ans, est coordonné par S. Dusko Ehrlich de l’Inra de Jouy en Josas et implique 8 partenaires, experts internationaux du microbiote, pour une portée mondiale des résultats.

International Human Microbiome Standards (IHMS). © inra
Mis à jour le 07/02/2013
Publié le 28/04/2011

Ces bactéries qui nous veulent du bien

Avec 10 à 100 cellules bactériennes pour une cellule humaine, l’homme est selon l’estimation la plus basse, constitué à 90% de bactéries. Et leur diversité est telle que, grâce à elles, nous possédons environ cent fois plus de gènes que les 20 000 gènes de notre génome. Cette communauté bactérienne ou microbiote, semble travailler de façon très étroite au maintien de l’équilibre de notre corps, d’où la course internationale qui s’est engagée depuis quelques années pour élucider son rôle. La course, oui… mais pas en ordre dispersé et surtout avec méthodes ! Tel est le souhait des membres du nouveau projet européen IHMS pour "International Human Microbiome Standards". L’enjeu est de taille : permettre la comparaison de données issues de différents travaux de recherche actuels et futurs par la mise en place de standards internationaux. Car si des projets de grande envergure ont vu le jour en Europe, aux Etats-Unis, en Chine et au Canada, aucun de ces projets si ambitieux soient-ils ne peuvent prétendre à une caractérisation exhaustive du microbiote et de son rôle sur la santé.

Les approches en "omiques" : des approches qui génèrent des masses de données considérables

La métagénomique permet aujourd’hui d’aborder la génomique de communautés bactériennes en séquençant en masse l’ADN purifié. Le résultat de ces études est un ensemble complexe de séquences avec très peu d’organismes entièrement séquencés. L’étude de ces ensembles de séquences combinées aux séquences de génomes complets pose de nombreux problèmes informatiques, mais aussi méthodologiques et mathématiques.

Un projet pour harmoniser les pratiques mondiales et faciliter les comparaisons de données

Le projet européen IHMS vise à coordonner le développement de protocoles et procédures opérationnelles normalisées, afin d’optimiser la comparaison de données dans le domaine du microbiome humain et ainsi améliorer les synergies entre les différents projets. Le projet cible trois aspects clés de la génération de données :

  • Les collectes d’échantillons humains, leur traitement et leur identification.
  • La qualité des séquences d’ADN générées
  • L’analyse des séquences ADN

Ce projet vise à organiser l’accès public aux protocoles et procédures opérationnelles standardisées et à permettre les échanges entre les utilisateurs et les fournisseurs de normes.

Des partenaires*, leaders internationaux dans le domaine du microbiome humain

Le projet IHMS réunit 8 partenaires internationaux, impliqués dans les projets actuels les plus ambitieux, sur trois continents : l’Europe, l’Asie et l’Amérique. Ce projet s’interface avec d’autres projets d’Afrique et d’Australie et d'Asie, via des échanges privilégiés avec l’IHMC – International Human Microbiome Consortium – une initiative internationale née en 2008 à Heidelberg en Allemagne, qui cherche à coordonner les grands programmes d’exploration du microbiote humain que différentes instances ont engagés.

* Partenaires impliqués dans le projet IHMS :
Inra ; HUVH (Institut Catala de la Salut – Espagne) ; BCM (Baylor College of Medecine, USA) ; SJTU (Shangai Jiao Tong University, Chine) ; CEA – Genoscope (Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives, France) ; BGI Shenzhen (Beijing genomics institute at Shenzhen, Chine) ; EMBL (European molecular biology laboratory, Allemagne) ; Western (The University of Western Ontario, Canada).

  • S. Dusko Ehrlich coordonne également le projet européen METAHIT qui vise plus particulièrement à élucider le rôle du microbiote intestinal dans l’obésité et les maladies inflammatoires de l’intestin (2008-2012) : www.metahit.eu
Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

  • S. Dusko Ehrlich (coordinateur) (01 34 65 25 10) UMR1319 MICALIS - MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé Humaine
  • Joel Doré (01 34 65 27 09) UMR1319 MICALIS - MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé Humaine