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Une collection de bactéries au service des aliments fermentés de demain

Le Centre International de Ressources Microbienne dédié aux bactéries d’intérêt alimentaire, regroupe plus de 4 000 souches. Constituée par des prélèvements dans des environnements très divers (matrices fromagères, laitières, végétales, vinicoles…), cette collection est riche d’une biodiversité unique dont le potentiel ne demande qu’à être valorisé.

LOGO Centre International de Ressources Microbienne. © Inra
Mis à jour le 25/07/2018
Publié le 17/07/2018
Mots-clés :

Les micro-organismes participent à la construction de la qualité de nombreux aliments fermentés en agissant sur leur texture, goût, aspect, conservation, …  Aujourd’hui, plus que jamais, ils sont des acteurs clés de l’innovation agroalimentaire pour répondre à de nombreux enjeux de l’alimentation de demain, que ce soit pour améliorer la valeur nutritionnelle des aliments afin de renforcer leur effet bénéfique sur la santé, pour fermenter de nouvelles matrices végétales afin d’apporter une alternative à la consommation de produits animaux ou encore pour améliorer la conservation d’un produit sans avoir recours à des additifs…

Une collection de souches d’une grande diversité intra-spécifique

Le Centre International de Ressources Microbienne (CIRM) dédié aux bactéries d’intérêt alimentaire (BIA), regroupe plus de 4 000 souches, appartenant à 30 genres et 150 espèces différentes. Il s’agit essentiellement de bactéries lactiques (environ 80%), mais on retrouve aussi des bactéries acétiques, des bactéries propioniques et autres. La force de cette collection est de proposer une grande diversité intra-spécifique. Sachant que les fonctionnalités d’une bactérie sont dans la grande majorité des cas « souche dépendante », on comprend mieux le potentiel de valorisation qu’offre un tel regroupement de micro-organismes pour une même espèce.

Un enrichissement permanent

Initié dès les années 60, avec la collecte de bactéries d’intérêt laitier (Collection Nationale de Recherche en Zootechnie, CNRZ), la collection a été progressivement étendue à d’autres biotopes comme des matières premières végétales (céréales, légumineuses, moût de raisin, …), et différents écosystèmes ciblés (boulangers, vinicoles…). L’exploration de nouveaux biotopes fait partie intégrante des missions du CIRM BIA qui ne cesse, ainsi, d’enrichir sa collection. Les souches sont sélectionnées de manière à offrir la plus grande diversité possible, tant du point de vue taxonomique que du point de vue fonctionnel, pour les communautés scientifiques, académiques et industrielles.

Un catalogue en ligne

Une grande partie de la collection est accessible aux industriels. Les souches accessibles ont fait l’objet d’une caractérisation individuelle (données taxonomiques moléculaires et phénotypiques) et remplissent les conditions de traçabilité nécessaires à leur exploitation (date, lieux et biotope d’isolement …). Voir le catalogue.

Un potentiel au service des industriels

Le CIRM-BIA propose des collaborations de recherche bilatérales (Inra-industriel) ou multipartenaires, mais aussi différentes prestations de service sur-mesure visant, par exemple, à cribler une fonctionnalité ciblée : propriété antifongique, probiotique, croissance à certaines températures, fermentation de nouveaux substrats végétaux, résistance à certains agents chimiques…

Le CIRM-BIA donne accès à des méthodes et à des équipements scientifiques de haut niveau :

  • Identification moléculaire au niveau de l'espèce (séquençage ADNr16S, PCR spécifique)
  • Identification phénotypique (microbiologie classique, dégradation des sucres, production de diacétyl, suivi de croissance...)
  • Caractérisation fonctionnelle (automate de criblage haut débit)
  • Caractérisation d'écosystèmes alimentaires variés
  • Typage moléculaire de souches (PFGE, MLST, RAPD, ...)
  • Tests antibiotiques
  • Lyophilisation de souches
  • Préparation d’ADN génomique

Un service de conservation pour des collections de tiers

En complément, le CIRM-BIA développe des services de conservation de souches pour le seul bénéfice du déposant (dépôt confidentiel de sécurité). De cette manière, les souches sont maintenues dans des conditions optimales, permettant de sécuriser leur pérennité (souches conservées sous deux modes : lyophilisation et congélation).
Pour toute demande, n’hésitez à contacter le CIRM-BIA.

Le Centre international de ressources microbiennes, CIRM

Le CIRM-BIA fait partie du CIRM qui est un centre de ressources biologiques -CRB- dédié aux ressources microbiennes

Le CIRM-BIA fait partie du CIRM qui est un centre de ressources biologiques. © Inra
© Inra

Crée par l'Inra en 2004, le CIRM a pour partenaires Agrocampus Ouest, AgroParisTech, Inra et les universités Aix-Marseille, Angers et Tours.
Au total, plus de 22 000 souches (champignons filamenteux, bactéries, levures) sont conservées, à travers 5 entités thématiques, toutes certifiées ISO 9001 :

  • BIA : bactéries d'intérêt alimentaire, Rennes
  • CFBP : bactéries associées aux plantes, Angers
  • BP : bactéries pathogènes, Tours
  • Levures d'intérêt technologiques, Jouy-en-Josas
  • CF  : champignons filamenteux, Marseille

Le CIRM est impliqué dans de nombreux projets de recherche, visant à mieux comprendre et à valoriser la diversité microbienne.
Au niveau national, le CIRM constitue le pilier microbien de l’Infrastructure Ressources Agronomiques pour la Recherche -RARe-. Elle est inscrite depuis 2016 sur la feuille de route nationale des Grandes Infrastructures de Recherche. RARe rassemble les CRB de l’INRA, de l’IRD, du CNRS et du CIRAD, et apporte notamment un soutien organisationnel à ses membres dans l’application du protocole de Nagoya et de la loi française sur la reconquête de la biodiversité.

Le CIRM, un centre de ressources intégré au niveau européen

Au niveau européen, après avoir coordonné le projet EMbaRC (2009-2012), le CIRM s’est fortement impliqué dans la phase préparatoire du projet Microbial Resource Research Infrastructure (MIRRI  2012-2016) inscrit sur la feuille de route ESFRI et joue désormais un rôle clé dans sa construction. MIRRI est une Infrastructure de Recherche pan-européenne distribuée qui a pour but de faciliter l’accès aux ressources génétiques et leur utilisation par la recherche académique et industrielle. MIRRI impliquera à terme plus de 300 000 isolats microbiens.