Evaluer l’état écologique des cours d’eau en séquençant l’ADN des diatomées

Depuis 2009, l’Inra développe la technologie innovante du métabarcoding sur les populations de diatomées (micro-algues), avec pour objectif la mise au point d’une méthode rapide de caractérisation de l’état écologique des cours d’eau. La méthode est actuellement en cours de normalisation à l’échelle européenne.

Photos de différentes espèces de diatomées en microscopie optique (objectif 100 fois à immersion).. © Inra
Mis à jour le 21/06/2017
Publié le 10/04/2017

Les diatomées : d’excellents bio-indicateurs de l’état écologique des eaux douces

Ces algues microscopiques possèdent une enveloppe externe en silice caractéristique de chaque espèce. Elles se développent dans les cours d’eau en formant de fines pellicules (biofilms) à la surface des substrats immergés. Du fait de leur importante biodiversité (plus de 100 000 espèces répertoriées) et d’une sensibilité variable d’une espèce à l’autre vis-à-vis de nombreux facteurs de l’environnement, les diatomées constituent d’excellents indicateurs pour le suivi de l’état écologique des écosystèmes d’eau douce. Pour cette raison, la Directive Cadre européenne sur l’Eau préconise leur utilisation en tant que « bioindicateur». Les méthodes standardisées actuellement utilisées en routine sont basées sur l’observation microscopique d’échantillons pour identifier et dénombrer les différentes espèces présentes. Cela permet ensuite, en fonction de l’abondance des espèces et de leur tolérance vis-à-vis de la pollution, le calcul d’un indice de qualité (Indice Biologique Diatomées). Cependant ces méthodes restent onéreuses et consommatrices en temps.

Une méthode innovante

Dans un premier temps, les chercheurs ont construit une « base de référence » à partir de diatomées cultivées en laboratoire. Cette base de données regroupe à la fois des informations moléculaires, morphologiques, écologique et taxonomiques relatives aux diatomées. Elle est régulièrement actualisée et accessible depuis le réseau R-SYST (voir encadré) mis en place par l’Inra. Dans un second temps, les chercheurs ont mené plusieurs campagnes de mesures dans des milieux naturels pollués et non pollués dans les départements de Mayotte, de La Réunion et plus récemment en métropole. Menées en collaboration avec l’ONEMA, les DREAL, les Agences de l’Eau et différents bureaux d’étude, ces campagnes ont confirmé la forte concordance entre la méthode utilisant le métabarcoding et la méthode microscopique utilisée depuis plus de 20 ans sur certaines rivières.

Complémentaire de la méthode de référence

Selon Frédéric Rimet, les deux méthodes restent complémentaires. Depuis de nombreuses années, il existe un savoir–faire taxonomique lié à l’emploi de la méthode de référence. Il ne faudrait en aucun cas l’abandonner, au risque de perdre un capital unique, mais bien associer les deux approches qui apportent des informations complémentaires. La première assure la classification des diatomées à partir de caractères morphologiques tandis que l’autre utilise des séquences réduites et spécifiques d’ADN chloroplastique appelés « barcodes ADN » caractéristiques de chaque espèce de diatomées.
Si en termes de coût, les deux méthodes sont pour l’instant équivalentes, le principal intérêt de cette nouvelle méthode réside dans sa rapidité de mise en œuvre.

En cours de normalisation à l’échelle européenne

Depuis 2012, plusieurs équipes de chercheurs travaillent à l'établissement de protocoles européens pour cette méthode de métabarcoding. Actuellement en cours de validation par le Comité Européen de Normalisation (CEN), ces protocoles devraient déboucher prochainement sur la définition de normes européennes pour l’étape de prélèvement des échantillons en eau douce et celle relative à la construction de la base de données de référence. Plus récemment encore, la mise en place de groupes de travail européens tel que le réseau COST DNAqua-Net (voir encadré) devrait permettre de développer l’utilisation de ces méthodes de taxonomie moléculaire appliquées à l’évaluation écologique et à l’estimation de la biodiversité des masses d’eau douces.

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

  • Frédéric RIMET UMR 0042 CARRTEL Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et les Ecosystèmes Limniques), Inra et Université Savoie Mont Blanc.
  • Agnès BOUCHEZ UMR 0042 CARRTEL Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et les Ecosystèmes Limniques), Inra et Université Savoie Mont Blanc.
Département(s) associé(s) :
Attribute Type Value
node_id string 101387
parent_node_id string 232
main_node_id string 101387
contentobject_id string 94847
contentobject_version string 42
contentobject_is_published string 1
depth string 3
sort_field string 1
sort_order string 1
priority string 1
modified_subnode string 1498120935
path_string string '/1/2/232/101387/'
path_identification_string string 'sitedept/deptunite24'
remote_id string '72997cd35ac38c6e9e5a1c4423a3330c'
is_hidden string 0
is_invisible string 0
name string 'Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques'
data_map array Array(33)
>seo object[eZContentObjectAttribute] Object
>title object[eZContentObjectAttribute] Object
>bloc_xml_introduction object[eZContentObjectAttribute] Object
>bloc_xml_presentation object[eZContentObjectAttribute] Object
>shortchapo object[eZContentObjectAttribute] Object
>zoom_news object[eZContentObjectAttribute] Object
>url object[eZContentObjectAttribute] Object
>mail_contact object[eZContentObjectAttribute] Object
>contact object[eZContentObjectAttribute] Object
>address object[eZContentObjectAttribute] Object
>robots object[eZContentObjectAttribute] Object
>metadescription object[eZContentObjectAttribute] Object
>centercode object[eZContentObjectAttribute] Object
>pathprefix object[eZContentObjectAttribute] Object
>display_twitterbar object[eZContentObjectAttribute] Object
>url_communitylink1 object[eZContentObjectAttribute] Object
>logo_communitylink1 object[eZContentObjectAttribute] Object
>url_communitylink2 object[eZContentObjectAttribute] Object
>logo_communitylink2 object[eZContentObjectAttribute] Object
>url_communitylink3 object[eZContentObjectAttribute] Object
>logo_communitylink3 object[eZContentObjectAttribute] Object
>url_communitylink4 object[eZContentObjectAttribute] Object
>logo_communitylink4 object[eZContentObjectAttribute] Object
>bloc_edito_intro object[eZContentObjectAttribute] Object
>bloc_edito_presentation object[eZContentObjectAttribute] Object
>jobdisplay object[eZContentObjectAttribute] Object
>visual object[eZContentObjectAttribute] Object
>credits object[eZContentObjectAttribute] Object
>mentions object[eZContentObjectAttribute] Object
>arborh object[eZContentObjectAttribute] Object
>extranet_link object[eZContentObjectAttribute] Object
>jobteaser object[eZContentObjectAttribute] Object
>urlteaser object[eZContentObjectAttribute] Object
object object[eZContentObject] Object
>id string 94847
>section_id string 1
>owner_id string 14
>contentclass_id string 50
>name string 'Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques'
>published string 1358170336
>modified string 1485791896
>current_version string 42
>status string 1
>remote_id string 'ba4dc59b66f702342ae7b66238acda5a'
>language_mask string 6
>initial_language_id string 2
>current object[eZContentObjectVersion] Object
>versions array Array(10)
>author_array array Array(5)
>class_name string 'Département : Site'
>content_class object[eZContentClass] Object
>contentobject_attributes array Array(33)
>owner object[eZContentObject] Object
>related_contentobject_array array Array(0)
>related_contentobject_count string 0
>reverse_related_contentobject_array array Array(6)
>reverse_related_contentobject_count string 6
>linked_contentobject_array array Array(0)
>linked_contentobject_count string 0
>reverse_linked_contentobject_array array Array(6)
>reverse_linked_contentobject_count string 6
>embedded_contentobject_array array Array(0)
>embedded_contentobject_count string 0
>reverse_embedded_contentobject_array array Array(0)
>reverse_embedded_contentobject_count string 0
>can_read boolean true
>can_pdf boolean true
>can_diff boolean false
>can_create boolean false
>can_create_class_list array Array(0)
>can_edit boolean false
>can_translate boolean false
>can_remove boolean false
>can_move boolean false
>can_move_from boolean false
>can_view_embed boolean false
>data_map array Array(33)
>grouped_data_map array Array(1)
>main_parent_node_id string 232
>assigned_nodes array Array(1)
>parent_nodes array Array(1)
>main_node_id string 101387
>main_node object[eZContentObjectTreeNode] Object
>default_language string 'fre-FR'
>content_action_list boolean false
>class_identifier string 'inra_departement'
>class_group_id_list array Array(1)
>match_ingroup_id_list boolean false
>current_language string 'fre-FR'
>current_language_object object[eZContentLanguage] Object
>initial_language object[eZContentLanguage] Object
>initial_language_code string 'fre-FR'
>available_languages array Array(1)
>language_codes array Array(1)
>language_js_array string '[{"locale":"fre-FR","name":"Fran\u00e7ais (France)"}]'
>languages array Array(1)
>all_languages array Array(2)
>can_edit_languages array Array(0)
>can_create_languages array Array(0)
>always_available integer 0
>allowed_assign_section_list array Array(1)
>allowed_assign_state_id_list array Array(1)
>allowed_assign_state_list array Array(0)
>state_id_array array Array(1)
>state_identifier_array array Array(1)
subtree array Array(160)
>0 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>1 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>2 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>3 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>4 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>5 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>6 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>7 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>8 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>9 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>10 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>11 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>12 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>13 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>14 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>15 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>16 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>17 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>18 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>19 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>20 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>21 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>22 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>23 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>24 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>25 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>26 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>27 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>28 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>29 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>30 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>31 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>32 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>33 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>34 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>35 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>36 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>37 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>38 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>39 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>40 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>41 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>42 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>43 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>44 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>45 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>46 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>47 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>48 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>49 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>50 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>51 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>52 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>53 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>54 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>55 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>56 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>57 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>58 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>59 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>60 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>61 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>62 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>63 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>64 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>65 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>66 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>67 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>68 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>69 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>70 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>71 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>72 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>73 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>74 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>75 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>76 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>77 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>78 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>79 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>80 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>81 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>82 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>83 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>84 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>85 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>86 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>87 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>88 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>89 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>90 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>91 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>92 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>93 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>94 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>95 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>96 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>97 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>98 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>99 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>100 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>101 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>102 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>103 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>104 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>105 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>106 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>107 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>108 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>109 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>110 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>111 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>112 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>113 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>114 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>115 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>116 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>117 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>118 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>119 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>120 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>121 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>122 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>123 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>124 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>125 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>126 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>127 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>128 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>129 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>130 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>131 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>132 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>133 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>134 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>135 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>136 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>137 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>138 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>139 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>140 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>141 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>142 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>143 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>144 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>145 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>146 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>147 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>148 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>149 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>150 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>151 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>152 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>153 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>154 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>155 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>156 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>157 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>158 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>159 object[eZContentObjectTreeNode] Object
children array Array(9)
>0 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>1 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>2 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>3 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>4 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>5 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>6 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>7 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>8 object[eZContentObjectTreeNode] Object
children_count string 9
view_count integer 0
contentobject_version_object object[eZContentObjectVersion] Object
>id string 404571
>contentobject_id string 94847
>creator_id string 2314
>version string 42
>status string 1
>created string 1485791853
>modified string 1485791894
>workflow_event_pos string 0
>user_id string 0
>language_mask string 7
>initial_language_id string 4
>creator object[eZContentObject] Object
>name string 'Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques'
>version_name string 'Forest, Grassland and Freshwater Ecology'
>main_parent_node_id string 232
>contentobject_attributes array Array(33)
>related_contentobject_array array Array(0)
>reverse_related_object_list array Array(6)
>parent_nodes array Array(1)
>can_read boolean false
>can_remove boolean false
>data_map array Array(33)
>node_assignments array Array(1)
>contentobject object[eZContentObject] Object
>initial_language object[eZContentLanguage] Object
>language_list array Array(2)
>translation boolean false
>translation_list array Array(2)
>complete_translation_list array Array(2)
>temp_main_node object[eZContentObjectTreeNode] Object
sort_array array Array(1)
>0 array Array(2)
can_read boolean true
can_pdf boolean true
can_create boolean false
can_edit boolean false
can_hide boolean false
can_remove boolean false
can_move boolean false
can_move_from boolean false
can_add_location boolean false
can_remove_location boolean false
can_view_embed boolean false
is_main boolean true
creator object[eZContentObject] Object
>id string 2314
>section_id string 2
>owner_id string 14
>contentclass_id string 4
>name string 'Ladet Nicole'
>published string 1339749470
>modified string 1468476925
>current_version string 2
>status string 1
>remote_id string '475d04a72359c288e65c3bd87eaa9328'
>language_mask string 3
>initial_language_id string 2
>current object[eZContentObjectVersion] Object
>versions array Array(2)
>author_array array Array(2)
>class_name string 'User'
>content_class object[eZContentClass] Object
>contentobject_attributes array Array(5)
>owner object[eZContentObject] Object
>related_contentobject_array array Array(0)
>related_contentobject_count string 0
>reverse_related_contentobject_array array Array(0)
>reverse_related_contentobject_count string 0
>linked_contentobject_array array Array(0)
>linked_contentobject_count string 0
>reverse_linked_contentobject_array array Array(0)
>reverse_linked_contentobject_count string 0
>embedded_contentobject_array array Array(0)
>embedded_contentobject_count string 0
>reverse_embedded_contentobject_array array Array(0)
>reverse_embedded_contentobject_count string 0
>can_read boolean false
>can_pdf boolean false
>can_diff boolean false
>can_create boolean false
>can_create_class_list array Array(0)
>can_edit boolean false
>can_translate boolean false
>can_remove boolean false
>can_move boolean false
>can_move_from boolean false
>can_view_embed boolean false
>data_map array Array(5)
>grouped_data_map array Array(1)
>main_parent_node_id string 312
>assigned_nodes array Array(6)
>parent_nodes array Array(6)
>main_node_id string 2281
>main_node object[eZContentObjectTreeNode] Object
>default_language string 'fre-FR'
>content_action_list boolean false
>class_identifier string 'user'
>class_group_id_list array Array(1)
>match_ingroup_id_list boolean false
>current_language string 'fre-FR'
>current_language_object object[eZContentLanguage] Object
>initial_language object[eZContentLanguage] Object
>initial_language_code string 'fre-FR'
>available_languages array Array(1)
>language_codes array Array(1)
>language_js_array string '[{"locale":"fre-FR","name":"Fran\u00e7ais (France)"}]'
>languages array Array(1)
>all_languages array Array(1)
>can_edit_languages array Array(0)
>can_create_languages array Array(0)
>always_available integer 1
>allowed_assign_section_list array Array(1)
>allowed_assign_state_id_list array Array(1)
>allowed_assign_state_list array Array(0)
>state_id_array array Array(1)
>state_identifier_array array Array(1)
path_with_names string 'sitedept/deptunite24'
path array Array(2)
>0 object[eZContentObjectTreeNode] Object
>1 object[eZContentObjectTreeNode] Object
path_array array Array(4)
>0 integer 1
>1 integer 2
>2 integer 232
>3 integer 101387
parent object[eZContentObjectTreeNode] Object
>node_id string 232
>parent_node_id string 2
>main_node_id string 232
>contentobject_id string 219
>contentobject_version string 59
>contentobject_is_published string 1
>depth string 2
>sort_field string 9
>sort_order string 1
>priority string 2
>modified_subnode string 1498656592
>path_string string '/1/2/232/'
>path_identification_string string 'sitedept'
>remote_id string '702cee6c5bb3a0f2459eb4705cbf71aa'
>is_hidden string 0
>is_invisible string 0
>name string 'Départements Inra'
>data_map array Array(23)
>object object[eZContentObject] Object
>subtree array Array(2167)
>children array Array(17)
>children_count string 17
>view_count integer 0
>contentobject_version_object object[eZContentObjectVersion] Object
>sort_array array Array(1)
>can_read boolean true
>can_pdf boolean true
>can_create boolean false
>can_edit boolean false
>can_hide boolean false
>can_remove boolean false
>can_move boolean false
>can_move_from boolean false
>can_add_location boolean false
>can_remove_location boolean false
>can_view_embed boolean false
>is_main boolean true
>creator object[eZContentObject] Object
>path_with_names string 'sitedept'
>path array Array(1)
>path_array array Array(3)
>parent object[eZContentObjectTreeNode] Object
>url string 'sitedept'
>url_alias string 'sitedept'
>class_identifier string 'inra_site_departements'
>class_name string 'Départements : Dispatch'
>hidden_invisible_string string '-/-'
>hidden_status_string string 'Visible'
>classes_js_array string '[{"classID":57,"name":"Actualit\u00e9"},{"classID":131,"name":"Annuaire : Rubrique"},{"classID":16,"name":"Article"},{"classID":17,"name":"Article (main-page)"},{"classID":18,"name":"Article (sub-page)"},{"classID":42,"name":"Banner"},{"classID":19,"name":"Blog"},{"classID":81,"name":"Blog : Billet"},{"classID":101,"name":"Blog : Billet marque blanche"},{"classID":62,"name":"Blog : Blog"},{"classID":99,"name":"Blog : Blog marque blanche"},{"classID":82,"name":"Blog : Rubrique additionnelle"},{"classID":20,"name":"Blog post"},{"classID":127,"name":"Br\u00e8ve"},{"classID":60,"name":"Carrousel : Actu de carrousel"},{"classID":143,"name":"Carrousel : Diapositive autonome"},{"classID":168,"name":"Carrousels"},{"classID":56,"name":"Centre : Site"},{"classID":94,"name":"Centres : Dispatch"},{"classID":13,"name":"Comment"},{"classID":50,"name":"D\u00e9partement : Site"},{"classID":95,"name":"D\u00e9partements : Dispatch"},{"classID":71,"name":"Digital Asset (Media)"},{"classID":24,"name":"Documentation page"},{"classID":154,"name":"Dossier"},{"classID":116,"name":"Dossier 'Parutions'"},{"classID":76,"name":"Dossier 'Quizs'"},{"classID":169,"name":"Dossier actu secondaire"},{"classID":89,"name":"Ev\u00e9nement"},{"classID":88,"name":"Ev\u00e9nements : Racine"},{"classID":40,"name":"Event"},{"classID":41,"name":"Event calendar"},{"classID":22,"name":"Feedback form"},{"classID":28,"name":"File"},{"classID":29,"name":"Flash"},{"classID":1,"name":"Folder"},{"classID":37,"name":"Forum"},{"classID":39,"name":"Forum reply"},{"classID":38,"name":"Forum topic"},{"classID":43,"name":"Forums"},{"classID":23,"name":"Frontpage"},{"classID":35,"name":"Gallery"},{"classID":36,"name":"Geo Article"},{"classID":145,"name":"Glossaire : Mot"},{"classID":30,"name":"Image"},{"classID":25,"name":"Infobox"},{"classID":130,"name":"Instit : Fiche Annuaire"},{"classID":140,"name":"Instit : Nous trouver"},{"classID":48,"name":"Instit : Racine"},{"classID":133,"name":"Instit : Rubrique 'Actu'"},{"classID":139,"name":"Instit : Th\u00e8me 'Annuaire'"},{"classID":134,"name":"Instit : Th\u00e8me 'Missions'"},{"classID":137,"name":"Instit : Th\u00e8me 'Organisation'"},{"classID":135,"name":"Instit : Th\u00e8me 'Rep\u00e8res'"},{"classID":136,"name":"Instit : Th\u00e8me 'Strat\u00e9gie'"},{"classID":46,"name":"Kiosque : Racine"},{"classID":31,"name":"Link"},{"classID":201,"name":"Logo"},{"classID":72,"name":"Magazine"},{"classID":142,"name":"Mediath\u00e8que : Mot cl\u00e9"},{"classID":149,"name":"Mediath\u00e8que : Playlist"},{"classID":52,"name":"Mediath\u00e8que : Racine"},{"classID":150,"name":"Mediath\u00e8que : Rubrique 'Mots cl\u00e9s'"},{"classID":148,"name":"Mediath\u00e8que : Rubrique 'Playlist'"},{"classID":141,"name":"Mediath\u00e8que : Rubrique 'Zoom'"},{"classID":199,"name":"Mediath\u00e8que : Rubrique simple"},{"classID":121,"name":"M\u00e9taprogramme : Site"},{"classID":96,"name":"M\u00e9taprogrammes : Dispatch"},{"classID":161,"name":"Mon Compte"},{"classID":124,"name":"Mon Compte : Utilisateur Front"},{"classID":26,"name":"Multicalendar"},{"classID":119,"name":"Newsletter : Abonn\u00e9"},{"classID":104,"name":"Newsletter : Bloc s\u00e9l\u00e9ction"},{"classID":105,"name":"Newsletter : Bloc texte"},{"classID":103,"name":"Newsletter : Campagne simple"},{"classID":102,"name":"Newsletter : Campagne sp\u00e9ciale"},{"classID":120,"name":"Newsletter : Dossier 'Abonn\u00e9s'"},{"classID":122,"name":"Newsletter : Dossier 'D\u00e9sinscrits'"},{"classID":125,"name":"Newsletter : Dossier 'Entreprises'"},{"classID":126,"name":"Newsletter : Entreprise"},{"classID":100,"name":"Newsletter : Newsletter"},{"classID":92,"name":"Parution"},{"classID":27,"name":"Poll"},{"classID":47,"name":"Portail : Canal"},{"classID":45,"name":"Portail : Racine"},{"classID":53,"name":"Portail : Th\u00e8me"},{"classID":185,"name":"Portrait"},{"classID":163,"name":"Portrait Old"},{"classID":87,"name":"Presse : Accueil public"},{"classID":108,"name":"Presse : Biographie"},{"classID":91,"name":"Presse : Communiqu\u00e9"},{"classID":118,"name":"Presse : Dossier 'Biographies'"},{"classID":112,"name":"Presse : Dossier 'Communiqu\u00e9s'"},{"classID":115,"name":"Presse : Dossier 'Dossiers de presse'"},{"classID":203,"name":"Presse : Dossier 'Kits de presse'"},{"classID":107,"name":"Presse : Dossier de presse"},{"classID":63,"name":"Presse : Inscription"},{"classID":205,"name":"Presse : Kit de presse"},{"classID":51,"name":"Presse : Racine"},{"classID":21,"name":"Product"},{"classID":32,"name":"Quicktime"},{"classID":73,"name":"Quiz : Accueil"},{"classID":74,"name":"Quiz : Question"},{"classID":195,"name":"Quiz : question - r\u00e9ponse"},{"classID":75,"name":"Quiz : R\u00e9ponse"},{"classID":69,"name":"Racine"},{"classID":34,"name":"Real video"},{"classID":179,"name":"RH : Annonce permanente"},{"classID":176,"name":"RH : Annonce temporaire"},{"classID":181,"name":"RH : Article simple"},{"classID":172,"name":"RH : Campagne permanente"},{"classID":180,"name":"RH : Campagne temporaire"},{"classID":207,"name":"RH : Connexion Espagnole"},{"classID":187,"name":"RH : Discipline scientifique"},{"classID":193,"name":"RH : Domaine professionnel"},{"classID":165,"name":"RH : dossier 'Portraits'"},{"classID":177,"name":"RH : Dossier Reportages"},{"classID":183,"name":"RH : Fichier description"},{"classID":184,"name":"RH : Fichier inscription"},{"classID":178,"name":"RH : Folder annonces"},{"classID":197,"name":"RH : mobilit\u00e9 internationale"},{"classID":171,"name":"RH : Proc\u00e9dure"},{"classID":49,"name":"RH : Racine"},{"classID":175,"name":"RH : R\u00e9gion"},{"classID":167,"name":"RH : Rubrique"},{"classID":164,"name":"RH : Rubrique 'Actu'"},{"classID":170,"name":"RH : Rubrique emploi"},{"classID":174,"name":"RH : textes candidatures"},{"classID":189,"name":"RH : Type d'annonce"},{"classID":191,"name":"RH : Type nature de contrat"},{"classID":106,"name":"RSS : Flux"},{"classID":129,"name":"Rubrique texte simple"},{"classID":146,"name":"SEO : Robots txt"},{"classID":147,"name":"SEO : Sitemap xml"},{"classID":151,"name":"SEO : Valeurs par d\u00e9faut"},{"classID":44,"name":"Silverlight"},{"classID":166,"name":"Sites : Rubrique"},{"classID":33,"name":"Windows media"},{"classID":182,"name":"Xiti : Identifiants Home"}]'
>is_container string 1
url string 'sitedept/deptunite24'
url_alias string 'sitedept/deptunite24'
class_identifier string 'inra_departement'
class_name string 'Département : Site'
hidden_invisible_string string '-/-'
hidden_status_string string 'Visible'
classes_js_array string '[{"classID":57,"name":"Actualit\u00e9"},{"classID":131,"name":"Annuaire : Rubrique"},{"classID":16,"name":"Article"},{"classID":17,"name":"Article (main-page)"},{"classID":18,"name":"Article (sub-page)"},{"classID":42,"name":"Banner"},{"classID":19,"name":"Blog"},{"classID":81,"name":"Blog : Billet"},{"classID":101,"name":"Blog : Billet marque blanche"},{"classID":62,"name":"Blog : Blog"},{"classID":99,"name":"Blog : Blog marque blanche"},{"classID":82,"name":"Blog : Rubrique additionnelle"},{"classID":20,"name":"Blog post"},{"classID":127,"name":"Br\u00e8ve"},{"classID":60,"name":"Carrousel : Actu de carrousel"},{"classID":143,"name":"Carrousel : Diapositive autonome"},{"classID":168,"name":"Carrousels"},{"classID":56,"name":"Centre : Site"},{"classID":94,"name":"Centres : Dispatch"},{"classID":13,"name":"Comment"},{"classID":50,"name":"D\u00e9partement : Site"},{"classID":95,"name":"D\u00e9partements : Dispatch"},{"classID":71,"name":"Digital Asset (Media)"},{"classID":24,"name":"Documentation page"},{"classID":154,"name":"Dossier"},{"classID":116,"name":"Dossier 'Parutions'"},{"classID":76,"name":"Dossier 'Quizs'"},{"classID":169,"name":"Dossier actu secondaire"},{"classID":89,"name":"Ev\u00e9nement"},{"classID":88,"name":"Ev\u00e9nements : Racine"},{"classID":40,"name":"Event"},{"classID":41,"name":"Event calendar"},{"classID":22,"name":"Feedback form"},{"classID":28,"name":"File"},{"classID":29,"name":"Flash"},{"classID":1,"name":"Folder"},{"classID":37,"name":"Forum"},{"classID":39,"name":"Forum reply"},{"classID":38,"name":"Forum topic"},{"classID":43,"name":"Forums"},{"classID":23,"name":"Frontpage"},{"classID":35,"name":"Gallery"},{"classID":36,"name":"Geo Article"},{"classID":145,"name":"Glossaire : Mot"},{"classID":30,"name":"Image"},{"classID":25,"name":"Infobox"},{"classID":130,"name":"Instit : Fiche Annuaire"},{"classID":140,"name":"Instit : Nous trouver"},{"classID":48,"name":"Instit : Racine"},{"classID":133,"name":"Instit : Rubrique 'Actu'"},{"classID":139,"name":"Instit : Th\u00e8me 'Annuaire'"},{"classID":134,"name":"Instit : Th\u00e8me 'Missions'"},{"classID":137,"name":"Instit : Th\u00e8me 'Organisation'"},{"classID":135,"name":"Instit : Th\u00e8me 'Rep\u00e8res'"},{"classID":136,"name":"Instit : Th\u00e8me 'Strat\u00e9gie'"},{"classID":46,"name":"Kiosque : Racine"},{"classID":31,"name":"Link"},{"classID":201,"name":"Logo"},{"classID":72,"name":"Magazine"},{"classID":142,"name":"Mediath\u00e8que : Mot cl\u00e9"},{"classID":149,"name":"Mediath\u00e8que : Playlist"},{"classID":52,"name":"Mediath\u00e8que : Racine"},{"classID":150,"name":"Mediath\u00e8que : Rubrique 'Mots cl\u00e9s'"},{"classID":148,"name":"Mediath\u00e8que : Rubrique 'Playlist'"},{"classID":141,"name":"Mediath\u00e8que : Rubrique 'Zoom'"},{"classID":199,"name":"Mediath\u00e8que : Rubrique simple"},{"classID":121,"name":"M\u00e9taprogramme : Site"},{"classID":96,"name":"M\u00e9taprogrammes : Dispatch"},{"classID":161,"name":"Mon Compte"},{"classID":124,"name":"Mon Compte : Utilisateur Front"},{"classID":26,"name":"Multicalendar"},{"classID":119,"name":"Newsletter : Abonn\u00e9"},{"classID":104,"name":"Newsletter : Bloc s\u00e9l\u00e9ction"},{"classID":105,"name":"Newsletter : Bloc texte"},{"classID":103,"name":"Newsletter : Campagne simple"},{"classID":102,"name":"Newsletter : Campagne sp\u00e9ciale"},{"classID":120,"name":"Newsletter : Dossier 'Abonn\u00e9s'"},{"classID":122,"name":"Newsletter : Dossier 'D\u00e9sinscrits'"},{"classID":125,"name":"Newsletter : Dossier 'Entreprises'"},{"classID":126,"name":"Newsletter : Entreprise"},{"classID":100,"name":"Newsletter : Newsletter"},{"classID":92,"name":"Parution"},{"classID":27,"name":"Poll"},{"classID":47,"name":"Portail : Canal"},{"classID":45,"name":"Portail : Racine"},{"classID":53,"name":"Portail : Th\u00e8me"},{"classID":185,"name":"Portrait"},{"classID":163,"name":"Portrait Old"},{"classID":87,"name":"Presse : Accueil public"},{"classID":108,"name":"Presse : Biographie"},{"classID":91,"name":"Presse : Communiqu\u00e9"},{"classID":118,"name":"Presse : Dossier 'Biographies'"},{"classID":112,"name":"Presse : Dossier 'Communiqu\u00e9s'"},{"classID":115,"name":"Presse : Dossier 'Dossiers de presse'"},{"classID":203,"name":"Presse : Dossier 'Kits de presse'"},{"classID":107,"name":"Presse : Dossier de presse"},{"classID":63,"name":"Presse : Inscription"},{"classID":205,"name":"Presse : Kit de presse"},{"classID":51,"name":"Presse : Racine"},{"classID":21,"name":"Product"},{"classID":32,"name":"Quicktime"},{"classID":73,"name":"Quiz : Accueil"},{"classID":74,"name":"Quiz : Question"},{"classID":195,"name":"Quiz : question - r\u00e9ponse"},{"classID":75,"name":"Quiz : R\u00e9ponse"},{"classID":69,"name":"Racine"},{"classID":34,"name":"Real video"},{"classID":179,"name":"RH : Annonce permanente"},{"classID":176,"name":"RH : Annonce temporaire"},{"classID":181,"name":"RH : Article simple"},{"classID":172,"name":"RH : Campagne permanente"},{"classID":180,"name":"RH : Campagne temporaire"},{"classID":207,"name":"RH : Connexion Espagnole"},{"classID":187,"name":"RH : Discipline scientifique"},{"classID":193,"name":"RH : Domaine professionnel"},{"classID":165,"name":"RH : dossier 'Portraits'"},{"classID":177,"name":"RH : Dossier Reportages"},{"classID":183,"name":"RH : Fichier description"},{"classID":184,"name":"RH : Fichier inscription"},{"classID":178,"name":"RH : Folder annonces"},{"classID":197,"name":"RH : mobilit\u00e9 internationale"},{"classID":171,"name":"RH : Proc\u00e9dure"},{"classID":49,"name":"RH : Racine"},{"classID":175,"name":"RH : R\u00e9gion"},{"classID":167,"name":"RH : Rubrique"},{"classID":164,"name":"RH : Rubrique 'Actu'"},{"classID":170,"name":"RH : Rubrique emploi"},{"classID":174,"name":"RH : textes candidatures"},{"classID":189,"name":"RH : Type d'annonce"},{"classID":191,"name":"RH : Type nature de contrat"},{"classID":106,"name":"RSS : Flux"},{"classID":129,"name":"Rubrique texte simple"},{"classID":146,"name":"SEO : Robots txt"},{"classID":147,"name":"SEO : Sitemap xml"},{"classID":151,"name":"SEO : Valeurs par d\u00e9faut"},{"classID":44,"name":"Silverlight"},{"classID":166,"name":"Sites : Rubrique"},{"classID":33,"name":"Windows media"},{"classID":182,"name":"Xiti : Identifiants Home"}]'
is_container string 1
Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques
Centre(s) associé(s) :
Auvergne - Rhône-Alpes

R-SYST : le Réseau de Systématique de l'INRA

logo. © Inra
© Inra

R-SYST  est un réseau national regroupant une douzaine d'équipes de recherche Inra (départements SPE et EFPA) impliquées dans la caractérisation moléculaire et morphologique d'organismes (virus, bactéries, micro-algues, plantes, champignons, insectes). Ces équipes sont composées de techniciens, chercheurs et ingénieurs dans les domaines de la biologie moléculaire, de la génétique et de la bio-informatique. Elles gèrent des bases de données et elles conçoivent et mettent à disposition des outils d'analyse de ces données taxonomiques.

Le réseau COST DNAqua-Net

logo. © Inra
© Inra

Les actions COST de la Communauté Européenne (CO-Operation in Science & Technology program) permettent de fédérer une ou plusieurs communautés de chercheurs (plus de 30 000 aujourd'hui dans toute l'Europe) autour d'une thématique scientifique, en finançant les activités de mise en réseau (conférences, colloques, visites scientifiques, etc.).

Agnès Bouchez est Vice-présidente du réseau COST DNAqua-Net dont la réunion de lancement a eu lieu en mars 2017.
L’objectif du réseau est de constituer un groupe de chercheurs de différentes disciplines pour identifier des outils génomiques de référence, développer de nouveaux indicateurs génomiques et des mesures dédiées à l’évaluation et au suivi en routine de la biodiversité des masses d’eau en Europe. En outre, DNAqua-Net devrait fournir une plate-forme pour former la future génération de chercheurs aux nouvelles technologies. En relation avec les gestionnaires de l’eau, les décideurs politiques et les autres parties prenantes, ce groupe de chercheurs devrait développer un cadre conceptuel pour l’application des outils éco-génomiques dans le cadre des évaluations environnementales juridiquement obligatoires.