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Analyse de la diversité du génome du porc et intérêts pour la sélection

L’industrie européenne de la sélection porcine fonctionne avec un nombre très limité de races : les porcs de race Large White ou Large White x Landrace dominent très largement la population européenne. Il y a donc un intérêt à identifier de nouvelles sources de variabilité génétique pour pouvoir répondre aux évolutions des attentes des consommateurs et pour assurer une production durable. Pour cela, il faut soit faire appel à des races européennes locales, soit intégrer des races étrangères : selon la FAO, l’Europe représente plus de 30 % de la diversité génétique porcine.

 © Inra Rennes
Mis à jour le 12/09/2013
Publié le 16/03/2007
Mots-clés :

Dans le premier projet européen PigBioDiv (1999-2002, coordonné par Louis Ollivier de l’INRA) des chercheurs de France, Royaume Uni, Pays Bas, Italie, Allemagne, Espagne, Norvège et Portugal ont commencé par étudier la diversité génétique de 70 races ou lignées européennes de porc. La diversité étudiée était dite « neutre », c’est-à-dire qu’aucun lien n’était recherché entre les gènes identifiés et les caractéristiques zootechniques. Cette étude a été réalisée au moyen de marqueurs microsatellites et accessoirement de marqueurs AFLP. Le but de ce travail était de faire une évaluation de la diversité génétique en regardant les ressemblances entre races/lignées. Un intérêt potentiel pour les sélectionneurs de ce type de travail réside dans l’effet d’hétérosis qui peut résulter d’un croisement entre deux races très différentes. Ils pourraient aussi grâce à ce type de techniques se demander si une nouvelle lignée est différente des autres, et comment elle s’en différencie. Ce premier travail de base a permis de constituer plusieurs banques d’ADN qui constituent une ressource très précieuse pour la communauté des sélectionneurs
(http://www.projects.roslin.ac.uk/pigbiodiv/).

Le nouveau projet européen (PigBioDiv2 2003-2006, coordonné par Sarah Blott de Sygen, Royaume Uni, comportant des équipes britanniques, française, hollandaise, suédoise et chinoises) intègre, en plus des races européennes, 50 races/lignées de porcs chinois. L’analyse de la diversité porte cette fois sur la comparaison entre diversité « neutre » et diversité dite « fonctionnelle ». Par diversité fonctionnelle, on peut entendre plusieurs choses. On peut étudier la diversité au niveau de gènes connus sur tout le génome, ou plus précisement dans des régions contenant des gènes d’intérêt économique. On peut aussi rechercher des traces de sélection dans des régions du génome contenant des marqueurs. En effet, si un gène a été sélectionné dans une race ou une lignée, les animaux de cette race vont être plus semblables autour de ce gène que partout ailleurs sur le génome. On recherche donc les marqueurs ayant un comportement particulier dans certaines races.

Jusqu'à présent, la recherche des gènes d’intérêt économique nécessitait la mise en place de protocoles très lourds, impliquant des croisements entre deux populations les plus éloignées possibles. On commence à démontrer que les données issues des travaux sur l’étude de la diversité, dans lesquels chaque population étudiée est formée de quelques dizaines d’animaux seulement, mais avec par contre beaucoup de populations étudiées, permettent de localiser des zones du génome qui ont été soumises à sélection dans certaines populations, et qu’on peut donc envisager d’étudier ultérieurement de manière plus fine.

Contacts scientifiques :

Magali San Cristobal, Claude Chevalet
Laboratoire de Génétique Cellulaire
BP52627
31326 Castanet-Tolosan Cedex
magali.san-cristobal@toulouse.inra.fr

Bibliographie :

  • Blott et al. 2003. Characterisation of genetic variation in the pig breeds of China and Europe – The PigBioDiv2 project. Arch. Zootec. 52, 207-217.
  • Foulley J.-L., Ollivier L., 2006. Estimating allelic richness and its diversity. Livestock Science 96 (sous presse).
  • Ollivier L., Foulley J.-L., 2005. Aggregate diversity: new approach combining within- and between-breed genetic diversity. Livestock Production Science 95, 247-254.
  • SanCristobal M, Chevalet C., Haley C.S., et al. 2006. Genetic diversity within and between European pig breeds using microsatellite markers. Animal Genetics, 37, 189-198.
  • SanCristobal M., Chevalet C., Peleman J., et al. 2006. Genetic diversity in European pigs utilising AFLP markers. Animal Genetics 37, 232-238.