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Diaporthe angelicae : agent dévoilé des grillures d’ombelles de carotte

Depuis 2007, les grillures d’ombelles sont apparues en France sur carotte porte-graines, impactant le rendement en semences. L’Inra en partenariat avec le GEVES, la  FNAMS (Fédération Nationale des Agriculteurs Multiplicateurs) et les entreprises HM. Clause et Vilmorin ont identifié et caractérisé l’agent responsable de la maladie : le champignon Diaporthe angelicae.

Diaporthe angelicae : agent dévoilé des grillures d’ombelles de carotte
Mis à jour le 08/11/2017
Publié le 25/09/2017

Les producteurs de semences de carottes victimes d’attaques fongiques

La carotte est l’espèce la plus multipliée en France : 25 % de la surface en production de semences lui sont dédiés. En 2014, 2450 hectares de carotte porte-graine (Daucus carota) étaient ensemencés en France. Depuis 2007, des symptômes de brunissement des ombelles ont été observés et particulièrement en région Centre – Val-de-Loire, première zone de production de semences de carottes. Les lésions apparaissent initialement sur les ombelles et peuvent se propager à la tige. Les ombelles malades s’assèchent prématurément, compromettant alors la production de semences. Cette maladie fongique, qui se propage rapidement, n’avait pas encore été bien identifiée.

 Identification et caractérisation du champignon Diaporthe sp.

Pour déterminer l’espèce fongique responsable des grillures d’ombelles et des lésions sur tige de carotte porte-graine, les chercheurs ont travaillé sur des isolats collectés entre 2010 et 2014 et originaires de plusieurs régions françaises : 99 isolats ont été prélevés sur plants de carotte et de persil ou sur débris de cultures. A partir de critères phénotypiques et d’analyses moléculaires, l’étude a permis de caractériser deux espèces fongiques majeures : Diaporthe angelicae et Diaporthe eres identifiées dans respectivement 83 % et 17 % des cas.

Contrer le champignon par la connaissance de son cycle de vie

Le pouvoir pathogène de Diaporthe sp. sur les ombelles de carotte porte-graine a été mesuré en conditions contrôlées. La contamination artificielle d’ombelles de carottes en chambre climatique montre que la plante est plus sensible à la contamination à D. angelicae au stade de développement « S2 » (chute des étamines et ouverture complète de la fleur). Une des portes d’entrée du champignon est la fleur et plus précisément le stigmate. La contamination sur une tige blessée est aussi possible alors qu’elle ne l’est pas par les feuilles. Pour assurer son développement, le champignon peut développer des pycnides typiques contenant des conidies (forme asexuée) et des périthèces produisant des ascospores (forme sexuée), formes retrouvées sur débris de culture de carotte. L’occurrence de la phase sexuée dans le cycle de vie de D. angelicae sur cultures de carottes en plein champ justifie en partie le polymorphisme plus prononcé chez cette espèce que chez D. eres.

Protection des porte-graines par usage réfléchi de fongicides et suppression des sources d’inoculum

La sensibilité du champignon à neuf fongicides aux modes d’action différents est une autre caractéristique qui a été testée. L’efficacité des fongicides a été mesurée par la limitation de la croissance du mycélium. Une certaine inefficacité a pu être observée sur quelques isolats, laissant présumer des phénomènes de résistance au champ par l’usage intensif de fongicides et justifiant, en partie, l'émergence de cette maladie. Différentes sources d’inoculum sont à surveiller voire à éliminer : débris culturaux, semences infestées, contamination des espèces sauvages d’Apiacées à proximité des cultures de carottes, insectes vecteurs de la maladie.

Des expériences se poursuivent en 2017 pour affiner les voies de pénétration du champignon dans les différentes parties de la fleur (pétales, stylopode, …). L’Inra transfère les outils moléculaires de caractérisation des champignons aux partenaires de recherche. Par ailleurs, le modèle Asphodèle (développé pour le tournesol), présente des résultats cohérents avec les observations de terrain pour prévoir les projections de spores et la contamination des plantes. Cet outil d’aide à la décision sera pertinent pour aider les multiplicateurs de semences de carottes à maîtriser la propagation de la maladie.

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

  • Pascal Poupard Unité mixte de recherche Institut de Recherche en Horticulture et Semences -Agrocampus Ouest, UMR 1345 IRHS-, INRA et Université d’Angers, 42 rue Georges Morel 49071 BEAUCOUZE CEDEX 01
Département(s) associé(s) :
Biologie et amélioration des plantes
Centre(s) associé(s) :
Pays de la Loire

Sources

  • F. Bastide, I. Serandat, J. Gombert, E. Laurent, E. Morel, J. Kolopp, P. L. Guillermin, B. Hamon, P. Simoneau, R. Berruyer and P. Poupard, « Characterization of fungal pathogens (Diaporthe angelicae and D. eres) responsible for umbel browning and stem necrosis on carrot in France », Plant Pathology (2017), Vol. 66, p. 239-253.

Le modèle ASPHODEL

Le modèle ASPHODEL a été développé en 1992 par le Service Régional de la Protection des Végétaux Midi-Pyrénées pour lutter contre le phomopis du tournesol, Diaporthe heliantii.
Ce modèle a été mis au point à partir d’études et observations de l’agent pathogène comme la vitesse de croissance du mycélium, la survie des ascospores sur les feuilles et la maturation des périthèces en fonction des conditions climatiques. Il est composé de trois modules (champignon, plante et fongicide) interagissant entre eux pour déterminer avec précision les périodes de contamination de la culture.
Le module champignon permet de simuler la maturation des asques à l’intérieur des périthèces puis les projections d’ascospores qui vont, ou non, en fonction des conditions climatiques rencontrées, se traduire en contamination. Un taux d’au moins 50% d’asques matures est nécessaire pour engendrer une projection d’ascospores. La vitesse de maturation des asques est directement dépendante de la température et de l’hygrométrie. Une fois le seuil de 50% d’asques mures atteint, c’est la pluviométrie qui sera le facteur déterminant pour la projection des ascospores. Les périthèces se gorgeant d’eau, la pression dans ces organes augmente ce qui provoque l’expulsion des ascospores. La recharge des asques est calculée grâce au compartiment de maturation des asques. La contamination par les asques est évaluée grâce aux mêmes paramètres intervenants pour la maturation des asques sachant qu’il faut au minimum 36 heures avec une hygrométrie supérieure à 90% pour détecter une contamination (Delos et Moinard, 1997).
Sources : « Les grillures d’ombelles en production de semences de carottes – Mieux connaître le phomopsis pour mieux contrôler », Julie Gombert, Bulletin Semences – n°251, septembre-octobre 2016, pp. 37-40.