La filière ovine laitière française bascule dans l’ère de la sélection génomique

A l’issue de travaux de recherche mis en place par les professionnels de la filière ovine laitière (CNBL), par l’Institut de l’Elevage (IDELE) et l’INRA, la sélection génomique fait son entrée dans le monde de la sélection ovine. Les cinq races ovines laitières françaises  bénéficieront progressivement de cette technologie.

Plateforme de recherche en production biologique ovine.. © Inra, MAITRE Christophe

Pour satisfaire la demande des consommateurs en fromages de brebis AOC, la filière ovine laitière a organisé dès les années 1970 la sélection de chaque race locale dans son bassin de production : la race Lacaune dans le Massif Central (fromage de Roquefort), les races Basco-Béarnaise, Manech Tête Rousse et ManechTête Noire dans les Pyrénées (fromage Ossau-Iraty), et la brebis Corse en Corse (fromage Brocciu). Ainsi a été conforté ce cheptel de 5 races ovines locales, maintenu à bonnes aptitudes laitières,  pour la production de fromages d’AOC spécifiques de leurs terroirs.

Des avantages de la sélection génomique

Jusqu’à aujourd’hui, la  sélection des béliers est effectuée à partir de la connaissance des phénotypes de leurs filles, donc des performances de production laitière et d’aptitudes fonctionnelles de leurs descendantes. La valeur génétique des béliers utilisés en insémination animale (IA) n’est donc confirmée qu’entre 2,5 et 3,5 ans d’âge. L’arrivée d’outils de séquençage de l’ADN dédiés aux ovins (puces Illumina 50K SNP) va permettre aux éleveurs ovins de bénéficier de la « révolution génomique ».

La sélection génomique permet de prédire, dès sa naissance et avec une bonne fiabilité,  la valeur génétique d’un bélier génotypé, grâce à la connaissance des relations entre génotypes (SNP) et phénotypes, établie à partir de populations de référence (béliers génotypés et connus sur les phénotypes de leurs filles). Sous réserve de réaliser une pression de sélection génomique suffisante, cela permet d’utiliser comme bélier d’IA améliorateur un jeune mâle de 6 mois qui n’a pas encore procréé de filles. Contrairement aux bovins, le point clé de la sélection génomique en ovins ne découle pas de la réduction de l’intervalle entre générations, mais de la diminution du cheptel de béliers d’IA vivants, qui conditionne directement la pression de sélection génomique réalisable.

Un travail commun entre les professionnels de la sélection ovine laitière et la recherche

Le passage à la sélection génomique chez les ovins laitiers résulte de plusieurs projets de recherche réalisés depuis 2009 (voir encadré ci-dessous). Impliquant les professionnels de la sélection ovine laitière (CNBL), les chercheurs de l’IDELE et de l’INRA, ces projets ont permis la constitution  de populations de référence pour les 5 races locales concernées.

Tenant compte des contraintes techniques (insémination artificielle en semence fraîche nécessitant un pool conséquent de béliers vivants) et économiques (coût du génotypage, taille des élevages), les chercheurs ont démontré la faisabilité de l’utilisation de la génomique chez les ovins laitiers en France.
A échéance de 2-3 ans, une réduction du coût des génotypages, avec en conséquence une augmentation possible de la pression de sélection génomique jusqu’à ¼ à 1/5, pourrait permettre une augmentation de 15 à 20 % du gain génétique annuel, favorisant  la possibilité de sélection de nouveaux caractères.

Les cinq races locales ovines laitières françaises  génotypées

Le passage à la sélection génomique intervient en 2015 en race Lacaune, sa population de référence étant de taille conséquente. C’est la première population au monde de petits ruminants à mettre en œuvre un schéma génomique. Pour les races pyrénéennes (Manech Tête Rousse, Manech Tête Noire, Basco-Béarnais) le passage est prévu en 2017, avec des populations de référence opérationnelles. Pour la race corse, la génomique sera utilisée pour l’instant comme aide à la gestion de la variabilité génétique (utilisation des parentés génomiques à la place des parentés classiques).
 

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

Institut de l’Elevage, F-31326 Castanet-Tolosan Département Génétique et Phénotypes de IDELE :
Jean-Michel Astruc
Département(s) associé(s) :
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Génétique animale
Centre(s) associé(s) :
Occitanie-Toulouse

Les projets de recherche associés

  • SheepSNPQTL (2009 – 2011) : projet ANR cofinancé par Apis Gene visant à utiliser de la puce 60 000 SNP pour la cartographie fine de QTL chez les ovins.
  • Roquefort’in (2010-2014): Le projet Roquefort’in, labellisé par le pôle de compétitivité Agrimip Innovation a eu pour ambition de contribuer à l’amélioration de la compétitivité et de l’attractivité de la filière « ovins lait » de Roquefort. Ce projet a été co-financé par la région Midi-Pyrénées, les conseils généraux de l’Aveyron et du Tarn ainsi que la communauté urbaine de Rodez.
  • Genomia (2010 -2012): ce projet européen avait pour objectif de préparer lamise en place de la génomique pour l’amélioration des races latxa (Espagne) et manech (France). Pour plus d’information : http://www.genomia.net
  • Cosegov (2010 - 2012) : Refondation des COntrats de SElection et d’utilisation en OVin en lien avec l’émergence de la Génomique. En lien avec Genomia, ce projet avait pour objectif de préparer la mise en place de la sélection génomique dans les races Pyrénéennes.
  • Degeram (2012-2014): Développement de la Génomique des races du Massif Central

Les partenaires professionnels impliqués dans ces différents programmes

  • Le Service Elevage de la Confédération Générale de Roquefort, 12103 Millau, France
  • La coopérative Ovitest, 12850 Onet-le-Château, France
  • OS Upra Lacaune, 12026 Rodez, France
  • Le Centre Départemental de l’Elevage Ovin (CDEO), 61130 Ordiarp, France
  • OS des Races Ovines Laitières des Pyrénées, 61130 Ordiarp, France
  • La coopérative Corsia, 20270 Aleria, France
  • OS Brebis Corse, 20270 Aleria, France
  • Le Comité National Brebis Laitières (CNBL), 31326 Castanet-Tolosan, France

Pour en savoir plus

  • Barillet, F., Baloche, G., Buisson , D., Lagriffoul, G., Aguerre, X., Boulenc, P., Fidele, F., Frégeat, G., Giral-Viala, B., Guibert, P., Panis, P., Soulas, C., Robert-Granie, C., Larroque, H., Legarra , A., Astruc, J.-M. (2014). . Sélection génomique en ovins laitiers en France : principaux résultats et conséquences pour la mise en place de schémas de sélection génomique. In: 21èmes Rencontres Recherches Ruminants (p. 249-252). Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, (21ème ed.). Presented at 21. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Paris, FRA (2014-12-03 - 2014-12-04). Paris, FRA : INRA - Institut de l'élevage.
    http://prodinra.inra.fr/record/284665
  • Larroque, H., Barillet, F., Baloche, G., Astruc, J.-M., Buisson, D., Shumbusho, F., Clément, V., Lagriffoul, G., Palhiere, I., Rupp, R., Carillier, C., Robert-Granie, C., Legarra , A. (2014). . Toward genomic breeding programs in French dairy sheep and goats. In: Proceedings of the 10th World Congress of Genetics Applied to Livestock Production (p. 1-6). Presented at 10. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Vancouver, CAN (2014-08-17 - 2014-08-22). American Society of Animal Science. http://prodinra.inra.fr/record/278997
  • Barillet, F., Baloche, G., Buisson, D., Lagriffoul, G., Aguerre, X., Boulenc, P., Fidele, F., Frégeat, G., Giral-Viala, B., Guibert, P., Panis, P., Soulas, C., Larroque, H., Legarra , A., Astruc, J.-M. (2014). Genomic selection in French dairy sheep : main results and design to implement genomic breeding schemes. Presented at 39. ICAR Biennal Session, Berlin, DEU (2014-05-19 - 2014-05-23) http://prodinra.inra.fr/record/264395
  • Baloche, G., Astruc ,J.M., Boulenc ,P., Giral-Viala, B., Guibert, P., Panis, P., Legarra, A., Barillet, F. (2014) . Genomic selection experiment in Lacaune dairy sheep : Progeny test results of rams initially selected either on parent average or on genomic prediction . In: Proceedings of the 10th World Congress of Genetics Applied to Livestock Production. Presented at 10. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Vancouver, CAN (2014-08-17 - 2014-08-22). American Society of Animal Science: http://prodinra.inra.fr/record/281024.