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bactéries MICROBIOTE humain. © M.Thomas & T. Meylheuc

Microbiote intestinal, nouvel organe au potentiel extraordinaire

Un microbiote façonné dès la naissance

Les bactéries intestinales colonisent notre intestin dès les premières heures de la vie et forment très tôt un écosystème remarquablement stable tout au long de la vie.

Mis à jour le 18/12/2013
Publié le 18/12/2013

Le tube digestif, virtuellement stérile avant la naissance, est colonisé dès les tout premiers moments de la vie. Il atteint en deux jours 100 000 milliards de bactéries, un niveau de population équivalent à celui de l’adulte ! Il faudra attendre cependant l’âge de deux à trois ans avant que le microbiote ne se stabilise. Il prend alors sa forme finale et personnelle, avec une diversité de plusieurs centaines d’espèces différentes qui se conservera tout au long de la vie.

Pour Joël Doré, directeur de recherche au sein des unités Micalis et MetaGenoPoliS de l’Inra « De nombreux événements précoces dans la période périnatale influencent le développement du microbiote : la prématurité, le mode de naissance, l’alimentation et les traitements antibiotiques peuvent avoir une incidence à long terme ». Le rôle de la mère dans la constitution du microbiote intestinal adulte est important. Des études, dès les années 80, ont montré l’impact du lait maternel dans l’éducation du système immunitaire et bactérien du bébé. Le lait maternel serait vecteur de signaux non encore identifiés même si ce domaine de la recherche progresse aussi très rapidement.

Un microbiote unique et résilient

Notre microbiote est remarquablement stable au cours des années. À l’âge adulte, des traitements médicamenteux, dont les antibiotiques, peuvent le modifier temporairement mais notre écosystème bactérien a une aptitude à être résilient et à retrouver son état d’équilibre initial au bout d’un ou deux mois. C’est aussi le cas de l’alimentation - les fibres alimentaires notamment - qui module transitoirement le microbiote. Mais de mauvaises pratiques alimentaires ou encore des traitements réalisés sur de longues durées peuvent entraîner une altération durable, voire définitive de notre microbiote. Des chercheurs américains ont comparé le microbiote d’individus nord-américains, africains et sud-américains et ont relevé une moindre diversité microbienne chez les premiers. Cette pauvreté bactérienne pourrait être liée à l’alimentation ou encore à l’administration d’antibiotiques : à 18 ans, un Nord-Américain a déjà reçu en moyenne 18 traitements antibiotiques. L’altération du microbiote pourrait même s’accentuer au fil des générations, via le transfert de la mère à l’enfant ! La théorie hygiéniste propose que le changement des pratiques alimentaires et médicales et des modes de vie dans la deuxième moitié du vingtième siècle explique à lui seul l’augmentation observée de l’incidence des maladies immunes ou auto-immunes.

Depuis vingt ans, l’Inra étudie les maladies inflammatoires de l’intestin, comme la maladie de Crohn. On a ainsi constaté le lien entre l’altération du microbiote et l’installation de maladies chroniques. Mais l’altération du microbiote et son lien de causalité avec les maladies immunes reste encore difficile à prouver. Les chercheurs n’ont pas encore distingué qui de l’œuf ou de la poule était là le premier : « Pour de nombreuses pathologies, nos travaux récents pointent cependant vers l’installation d’un cercle vicieux entre les symptômes d’une maladie et la détérioration du microbiote ! Il semble ainsi qu’il faille traiter à la fois les symptômes et le microbiote de malades pour espérer prendre le pas sur des maladies chroniques » explique Joël Doré. Enterococcus faecalis,  bactérie commensale du tube digestif et pathogène opportuniste.. © © INRA, RIGOTTIER-GOIS Lionel & MEYLHEUC Thierry
Enterococcus faecalis,  bactérie commensale du tube digestif et pathogène opportuniste. © © INRA, RIGOTTIER-GOIS Lionel & MEYLHEUC Thierry