Recherches sur la bactérie Xylella fastidiosa, unité IRHS, Inra Pays de la Loire. © Inra, Nathalie Mansion

Le point sur Xylella fastidiosa

La bactérie Xylella fastidiosa, pathogène de nombreuses plantes, a été identifiée en 2016 aux Baléares et en Allemagne. Plus les recherches sur l’identification des sous-espèces, des souches et des hôtes progressent, plus l’hypothèse que la bactérie était présente en Méditerranée avant 2012 semble se confirmer. Cela signifierait que Xyllela, malgré sa capacité à s’adapter à ses hôtes et évoluer, n’a pas une expansion aussi rapide qu’on le croyait. Une bonne nouvelle.

Par Patricia Léveillé
Mis à jour le 20/06/2017
Publié le 20/06/2017

Depuis sa détection en 2012 sur des caféiers importés, la bactérie Xylella fastidiosa est présente aujourd’hui sur plus d’une trentaine d’espèces végétales en Corse et en région Paca : lavandes, cistes, faux genêt d’Espagne, romarin, immortelle italienne (en Corse), etc. En Europe, elle a été identifiée en 2016 sur des lauriers roses en Allemagne ainsi qu’en pleine Méditerranée. Tout l’archipel des Baléares est touché. Mais, « la situation diffère selon les îles qui ne sont pas forcément contaminées par les mêmes espèces ni les mêmes souches. Les hôtes diffèrent également. Ce qui laisse supposer des introductions répétées et des origines différentes, » explique Marie-Agnès Jacques, directrice de recherche Inra et référente scientifique nationale Inra sur Xylella. À Ibiza, c’est la sous-espèce pauca  que les scientifiques ont détectée sur des oliviers cultivés et des polygales à feuilles de myrte. Mais il s’agit d’une autre souche que celle qui a dévasté les oliveraies en Italie depuis 2013. À Majorque, c’est la sous-espèce fastidiosa (responsable de la maladie de Pierce dans le vignoble américain) qui a été détectée sur des cerisiers et la sous-espèce multiplex sur des amandiers et des oliviers. Pour cette dernière, une des lignées génétiques est identique à l’une de celles présentes en Corse.

Les scientifiques soupçonnent que la contamination aux Baléares soit ancienne. Selon la piste la plus probable, mais non confirmée encore, le Prunus infesté à Majorque proviendrait de plants importés d’une pépinière d’Espagne continentale. Les travaux ont également progressé sur la contamination en Corse. Elle ne serait pas récente non plus et daterait au moins, d’une quinzaine d’années, sans doute plus. Hypothèse basée sur l’âge des plants les plus anciens de Polygala les plus contaminés ainsi que le temps de divergence* entre les souches américaines et françaises, très proches. Ces découvertes seraient plutôt rassurantes selon la scientifique, car elles signifient que l’expansion de la bactérie n’est pas si rapide. À l’exception, comme l’a montré l’exemple des oliveraies dans les Pouilles en Italie, des zones où la monoculture prévaut.

* La divergence génétique correspond à une évolution génétique différente entre deux populations d'une même espèce.

Timeline Xylella fastidiosa : les dates marquantes.. © Inra, Véronique Gavalda
Timeline Xylella fastidiosa : les dates marquantes. © Inra, Véronique Gavalda

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Biologie et amélioration des plantes
Centre(s) associé(s) :
Pays de la Loire

Une bactérie au fort potentiel recombinant

Les scientifiques de l’Inra, en particulier l’unité IRHS, interviennent auprès de l’Anses pour l’identification et le typage des souches bactériennes dans le cadre du plan national de lutte. L’équipe des bactériologistes a adapté une méthode, la MLSA-MLST par amplification PCR* utilisée sur d’autres bactéries grâce à laquelle elle a pu rapidement identifier la sous-espèce des bactéries. En comparant les séquences isolées à des séquences répertoriées dans les bases de données, les scientifiques ont pu assigner aux isolats nouveaux une position dans l’arbre phylogénétique de la bactérie Pour Marie-Agnès Jacques, « ces isolats, ou ‘sequence type’, montrent qu’on est bien en présence de souches jusqu’alors non identifiées. C’est la preuve que le génome de la bactérie a subi une évolution ». Les travaux de l’IRHS confirment l’importance de la recombinaison chez cette bactérie comme moteur évolutif et dévoilent un peu plus sa diversité. > En savoir plus

* PCR, Polymerase Chain Reaction (ou amplification en chaîne par polymérase) : Méthode d'amplification /réplication in vitro qui permet d’obtenir d'importantes quantités (plusieurs milliers en quelques heures) d'un fragment d'ADN.

En savoir plus

Projets de recherche européens

Les scientifiques de l’Inra multiplient les collaborations pour faire progresser les connaissances scientifiques sur le génome, la diversité, le pouvoir  pathogène, les outils de détection et les moyens de lutte contre ce pathogène émergent en Europe. Ils sont partie prenante de deux projets européens qui ont vu le jour depuis 2015.

  • XF-ACTORS :  Un projet européen pour l'amélioration des outils de détection précoce de Xylella fastidiosa, la prévention des contaminations et leur contrôle. > En savoir plus
  • POnTE : Ce projet vise à proposer des stratégies de contrôle intégré et durable de quatre pathogènes, dont Xylella fastidiosa, qui menacent un panel de cultures et d’environnements naturels en Europe. > En savoir plus
Polygala myrtifolia, polygale à feuille de myrte. Arbuste d'ornement sur lequel a été identifiée la bactérie Xylella fastidiosa en 2015 en Corse © Yellow cat & A Barra

Dossier

Xylella fastidiosa, la recherche mobilisée

La bactérie Xylella fastidiosa fait l’objet de nombreuses recherches dans son aire d’origine, les Amériques. Depuis 2013, l’Inra apporte son expertise en santé des plantes pour développer les connaissances scientifiques, les outils nécessaires et un dispositif de réaction rapide pour lutter contre X. fastidiosa. > Lire la suite