Site Bioinformatique : les outils

sites INRA	sites français	carte des sites	outils INRA	BD INRA
documents en ligne	enseignements	microarrays	biblio	accueil bioinfo

	pour la disponibilité des programmes de bioinfo sur des sites généraux, voir ReNaBi consulter aussi la page de l'Institut Pasteur sur "logiciels pour la biologie" ou la page du site Infobiogen "liste de tous les programmes"
outils plates-formes     outils analyses de séquences     outils cartographie    analyses de données

Les boîtes à outils accessibles sur les plates-formes

ToolsBox	Catalogue d'outils bioinfo sur la plate-forme bioinfo de Toulouse (BioTools, issu de EBI et Infobiogen))
Toulouse	Genomes&Informatics@INRA Toulouse (Annotation : EuGene, FrameD - Comparative genomics : Narcisse, ICARRE - Mapping : Carthagene - Web Services : Remora, ...)
LIPM	Service bioinfo du LIPM à Toulouse (Remora Web Services, Paraloop, PhyloPro, BCG)
MIGALE	Outils sur la Plate-forme Bioinfo de Jouy en Josas : GCG, SEQWEB, STADEN, ACNUC, ...
MIG	Logiciels diffusés par l'Unité MIG à Jouy (R'HOM, R'MES, SHOW, MuGen, AnnovArray,KaKSI ...)
GPI	Outils sur la plate-forme Génoplante_Info à Evry (Blast Server, Adel, SPADS, ...)
Ina-PG	Outils de l'équipe Statistique et Génome de l'INA-PG Paris (Package en R : Varmixt et Anapuce, programmes en R ...)
DB&SOFT	Software on Bioinformatics & Evolutionary Genomics (Ghent) (ForCon, SPADS,ADHoRe, HyperGeny, ...)

outils plates-formes     outils analyses de séquences     outils cartographie    analyses de données

Outils pour l'analyse des séquences

EuGene	A simple yet effective Gene Finder for eucaryotic Organisms. Un logiciel de prédiction de gènes pour Arabidopsis thaliana, qui fusionne les sorties de différents logiciels actuels, y compris des informations d'homologies avec des EST, cDNA et protéines.
FrameD	FrameD tries to locate genes and frameshifts in procaryotic sequences. Un logiciel de prédiction de gènes et d'erreurs de séquençage dans les génomes procaryotes.
Multalin	Multiple sequence alignment
ESSA & SAPSSARN	An integrated and interactive computer tool for analysing RNA secondary structure Edition et aide à la prédiction de structure secondaire d'ARN
CloneIt!	Sub-cloning strategies, in-frame deletions and frameshifts using restriction enzymes and DNA polymerases
Predotar	Un service pour la prédiction des séquences d'adressage mitochondrial ou chloroplastique

outils plates-formes     outils analyses de séquences     outils cartographie    analyses de données

Outils de cartographie

CarthaGene	CarthaGene is a genetic/radiated hybrid mapping software. Logiciel d'ordonnancement de marqueurs plus particulièrement dédié au problème de construction de cartes jointes pour des pedigrees simples (backcross, intercross, outbreds et hybrides irradiés, populations multiples).
LBCMB Le Moulon	Logiciels de cartographie au Moulon en Génétique Végétale : BioMercator : Genetic maps and QTL integrator ActionMap : Automation of loci assignments to a gramework map,
HYBWEB	Interpreting PCR data (regional assignment of genetic markers using a somatic cell hybrid panel -for the PIG Genome-)
ImpRH	IMpRH mapping tools
ISLAND	Simulation d'expériences de cartographie physique de chromosomes par la méthode d'ancrage
MultiCross QTL	Détection et localisation de QTL (Quantitative Trait Loci) dans des populations végétales.

outils plates-formes     outils analyses de séquences     outils cartographie    analyses de données

Outils d'analyses de données

INA-PG	Packages pour l'analyse des données d'expression : Varmixt et AnaPuce
GeneClass, Bottleneck...	Populations genetics software : Programmes d'analyse en génétique des populations (Bootleneck, GeneClass, Pop100Gene)

sites INRA	sites français	carte des sites	outils INRA	BD INRA
documents en ligne	enseignements	microarrays	biblio	accueil bioinfo

URL : http://www.inra.fr/Internet/Projets/bioinfo
Page créée le 2O juin 2000, modifiée octobre 2005
Catherine CHRISTOPHE (cch@paris.inra.fr)