Les recherches menées sur la génétique et l'amélioration des espèces fruitières concernent d'une part de nombreuses variétés-greffons (abricotier, pêcher, pommier, cerisier, châtaignier, fraisier, mandarinier, noyer, olivier, poirier et prunier domestique) et d'autre part les porte-greffes de Prunus, châtaignier, noyer et poirier.

Dans le domaine des ressources génétiques, au-delà de l'activité permanente de préservation et d'enrichissement des collections, la caractérisation des ressources est conduite pour des caractères d'intérêt agronomique : résistances aux bioagresseurs, adaptation aux contraintes environnementales, architecture de l'arbre, qualité des fruits. Les travaux de génétique sont orientés sur ces principaux caractères. Pour les pommiers et poiriers, pour tous les Prunus (fruits à noyau), pour les noyers et les mandariniers (site EGID Citrus Network), une grande partie de ces ressources constituent les collections nationales de ressources génétiques associées à ces différentes espèces (coordonnées par le Bureau des Ressources Génétiques - BRG) et sont accessibles à la collectivité internationale.

Les recherches sur la résistance aux bioagresseurs sont centrées sur les bases génétiques et moléculaires des intéractions plante x bio-agresseur pour les différents pathosystèmes : pommier/ Venturia inaequalis/ Erwinia amylovora, poirier/ Erwinia amylovora, Prunus/ Sharka/ nématodes/ Myzus persicae/ Sphaerotheca pannosa, et fraisier/ Colletotrichum/ Phytophthora. L'objectif principal de ces recherches est l'identification de gènes responsables de l'apparition chez les plantes de résistances efficaces à un agent pathogène. Différentes modalités d'exploitation et de gestion de ces gènes seront ensuite comparées pour leur aptitude à mettre en oeuvre des systèmes plus durables de gestion des résistances, à l'échelle d'un bassin de production.

Les études sur les composantes génétiques de la qualité des fruits portent principalement sur la texture (pomme), la teneur en sucres et en acides (pêche), l'arôme , la coloration de l'épiderme, et le processus de maturation chez l'abricot.

Une approche génétique et fonctionnelle de l'architecture de l'arbre est également développée pour identifier les gènes contrôlant les caractères morphologiques et architecturaux qui ont une incidence sur différentes étapes de l'élaboration et de la production fruitière.

L'ensemble de ces travaux s'appuient sur les différents outils de la génomique en cours d'élaboration pour ces espèces (cartographie des génomes, banque de gènes exprimés dans différentes conditions physiologiques, etc.) et sur des expérimentations conduites sur les arbres, afin d'évaluer les comportements agronomiques associés aux différents caractères analysés. Au niveau génomique, sont aussi mis à profit les résultats d'études conduites sur les composantes de la qualité de la tomate (espèce de référence pour les fruits charnus) et la proximité des génomes de différentes rosacées fruitières et ornementales.

Ces recherches permettront de proposer des méthodologies pour la création de matériel végétal innovant (porte-greffes et variétés-greffons) pour les caractères de résistance aux bioagresseurs, de qualité du fruit et d'architecture. Un projet est initié pour étudier les impacts de certaines innovations dans les domaines environnementaux, alimentaires et économiques, dans le but d'anticiper globalement les points forts et les points faibles de telles innovations et de proposer des méthodes de gestion les plus pertinentes.