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Recherche du déterminisme génétique des caractères observés


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Les travaux incluent les développements méthodologiques comme l’analyse des données d’expression ou l’utilisation du déséquilibre de liaison pour la cartographie fine. Mais ils se concentrent surtout sur l’analyse de caractères considérés comme essentiels pour la durabilité des productions agricoles : résistance aux maladies, comportement, composition fine et qualité des produits. Cette orientation par fonction vise à favoriser les comparaisons entre espèces, en particulier les espèces d’élevage entre elles et avec les espèces modèles. Ce champ thématique inclut également les recherches sur les modèles biomédicaux.
Ces études reposent sur cinq grands principes :

► Des collaborations avec les départements PHASE, SA, MICA et CEPIA ou d’autres organismes comme le CIRAD. 
 
► Les phénotypes observés, base de ces études, proviennent des dispositifs INRA réalisés dans les unités expérimentales ou d'élevages commerciaux, en relation avec la base de données génétiques nationales. Ces deux types de dispositifs sont très complémentaires et non redondants. Les unités expérimentales permettent des dispositifs techniquement sophistiqués, à l'environnement maîtrisé, impliquant une structure génétique et des génotypes spécifiques et des mesures lourdes incompatibles avec un environnement commercial. Pour réaliser les actions décrites, le département mobilisera très largement le potentiel expérimental dont il a la gestion, dans le cadre de dispositifs ouverts.
 
► Les programmes sont conduits à partir de génotypes contrastés pour les caractères étudiés. Lorsque ces génotypes ne sont pas disponibles, une étape préalable de création est nécessaire.
 
► Enfin, l'analyse des caractères intégre les possibilités de la biologie intégrative et combine différentes approches, allant de la recherche de critères de mesure à l'expression des gènes. Les apports attendus de la génomique fonctionnelle sont essentiellement de trois types :
 
  • une meilleure compréhension de la régulation de la fonction étudiée, but commun avec les physiologistes;
  • mais aussi l'accès à un phénotype plus analytique que le phénotype observé à l'échelle macroscopique permettant donc une cartographie plus fine, sous réserve d'un coût raisonnable permettant un phénotypage à haut débit tant pour le nombre de gènes analysés que pour le nombre d'individus étudiés,
  • et enfin une aide dans le choix des gènes candidats, en particulier dans une région chromosomique donnée déjà restreinte.

En termes de caractères, la priorité est affichée d'une part sur les caractères de facilité d'élevage et d'adaptation, et en particulier la résistance aux maladies, le comportement, la reproduction, l'ingestion et la mobilisation des réserves, et d'autre part sur les caractères de qualité. Cette palette reste assez large pour différentes raisons. La biologie intégrative permet de renouveler fortement nos connaissances, même pour les caractères étudiés de longue date. Les contraintes d'élevage sont de plus en plus nombreuses et la durabilité des systèmes de production dépend de nombreux caractères. Les dispositifs expérimentaux permettent souvent l'analyse de nombreux caractères pour un coût marginal réduit au coût de mesure, et que l'étude d'un caractère supplémentaire est source d'ouverture des protocoles et de mise en place de collaborations plus nombreuses.








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Rédaction : PH
Date de création : 13 Septembre 2007
Mise à jour : 04 Mai 2009