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Les Programmes des Unités Expérimentales

Le dispositif des Unités Expérimentales a pour vocation première de fournir les phénotypes nécessaire à l'étude du déterminisme génétique des caractères et des réseaux de régulation génique. Par les collaborations qu'il induit, c'est un atout en Europe. Il apporte à la fois des génotypes modèles, des dispositifs génétiques plurigénérations spécifiques et de grande taille, ainsi que l’équipement et le savoir-faire indispensables pour produire les phénotypes souhaités. Les travaux conduits souvent en large collaboration ont une double orientation, fondamentale et finalisée. Ils concernent les caractères agronomiques mais aussi des modèles biomédicaux. Ils impactent fréquemment les filières à des niveaux variés, de l’identification de critères et d'outils de sélection jusque, parfois, au transfert de génotypes originaux.

 

Contrairement aux expérimentations classiques qui cherchent à minimiser la variabilité individuelle (considérée comme résiduelle) en utilisant des animaux les plus standardisés possibles, l’expérimentation génétique utilise cette information individuelle, en cherchant à distinguer celle d’origine génétique de celle qui ne l’est pas, ou celle due à tel gène ou telle combinaison de gènes.

Ces expérimentations impliquent un nombre souvent élevé d’animaux et plusieurs générations. Elles nécessitent toutes les étapes de l'élevage, avec une focalisation sur la reproduction.
Conçues, réalisées, analysées et valorisées en collaboration avec les spécialistes des fonctions étudiées (physiologistes, pathologistes ou technologues), ces grands programmes pluriannuels répondent souvent à plusieurs objectifs. Si les généticiens quantitatifs en ont souvent la responsabilité technique, ces protocoles sont souvent pluridisciplinaires et associent différentes équipes de recherche.
Les principaux dispositifs expérimentaux conduits dans nos unités sont les suivants :
  • Les expériences de sélection visent à produire des lignées extrêmes, en sélectionnant une population sur un caractère pendant plusieurs générations. Les lignées peuvent être fermées ou ouvertes, externalisant alors l’effort de sélection dans les populations commerciales. Ces expériences permettent d’inférer le déterminisme génétique d’un caractère, d’estimer son degré de relation avec les autres caractères, incluant ses composantes physiologiques, et fournissent des modèles animaux sources de collaborations avec les autres disciplines.
  • Les comparaisons de génotypes sont des expérimentations plus simples à conduire (comparaison de races ou de souches). Pour l’étude de gènes ou de combinaisons de gènes, on cherche généralement à construire les génotypes à fond génétique constant.
  • Les programmes de détection de QTL sont conduits en croisement ou intra population et impliquent plusieurs générations. En croisement, ils utilisent soit des lignées divergentes sélectionnées, soit des populations très différentes pour les caractères étudiés. Les populations d’élevage disposant rarement de lignées consanguines, ces expérimentations sont généralement de grande taille (500 à 1000 individus) et  impliquent une structure familiale particulière. Les dispositifs sont soit dédiés à l'analyse d'un caractère particulier, soit généralistes lorsque c'est possible, impliquant alors la mesure de nombreux phénotypes.
  • Les protocoles de cartographie fine de gène sont la suite logique des programmes de détection de QTL. Par des croisements au cours des générations plus avancées, ils visent à produire des descendants issus de parents sélectionnés en vue d’accumuler des recombinaisons dans les régions chromosomiques étudiées.
  • L’étude d’interactions génotype milieu repose sur des dispositifs utilisant plusieurs génotypes dans plusieurs milieux. Cette variabilité de milieu peut être obtenue en utilisant plusieurs sites d’élevage ou plusieurs systèmes de conduite, voire en conditionnant le milieu.

Au sein de ces grands protocoles se greffent souvent de nombreux travaux ponctuels, permettant d'analyser une question plus spécifique.

► Programmes des Unités Expérimentales de 2002 à 2005 (pdf, 3.7 Mo)

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Rédaction : PH
Date de création : 05 Octobre 2007
Mise à jour : 20 Janvier 2009