Le projet du Département est présenté dans son Schéma stratégique de département qui synthétise les objectifs et les orientations de recherche. Il sert de base de contractualisation entre l'INRA et le département GA.
 

Trois enjeux sont identifiés pour des années à venir :  
 

• Les enjeux scientifiques concernent essentiellement les développements extrêmement rapides de la connaissance des génomes. Nous devrons maîtriser les outils de la génomique mais surtout leur intégration avec les données phénotypiques pour décrypter le déterminisme de la variabilité génétique des caractères.

• Les enjeux économiques concernent la durabilité et la compétitivité des filières de production dans un contexte nouveau sur la gestion des territoires et l'environnement et sur le bien être animal. Dans ce contexte plus compétitif, l’INRA doit être à la pointe des avancées scientifiques dans son domaine, en particulier la caractérisation moléculaire de la variabilité génétique et son utilisation en gestion des populations.

• Les enjeux sociaux peuvent se révéler les plus déterminants. Nous devrons nous impliquer davantage dans un dialogue constructif pour faire face à la distance grandissante entre le monde de la production et le reste de la société. 

Le Département organise ses activités en trois champs thématiques regroupant une communauté scientifique travaillant vers un objectif commun.

• CT1 : l’analyse de la structure et du fonctionnement des génomes animaux
• CT2 : l’analyse de la variabilité génétique des caractères phénotypiques, en s’appuyant largement sur son dispositif expérimental et sur les bases de données zootechniques nationales
• CT3 : les méthodes de gestion des populations, c’est-à-dire la caractérisation et la gestion de la diversité génétique et l’aide à l’amélioration génétique des populations.