Le département est impliqué dans l'évaluation à plusieurs titres :

• jusque dans un passé récent, il était en charge de l'organisation de l'évaluation de ses unités : choix de la commission, élaboration de la lettre de mission à la commission. Depuis la création de l'AERES, son rôle est réduit mais il propose une liste d'experts possibles et une description des missions spécifiques de l'INRA. A l'issue de l'évaluation, il organise un débat en conseil scientifique de département puis émet un avis pour la direction générale concernant le devenir de l'unité.
• Les chercheurs du département font l'objet d'une évaluation individuelle par une Commission Scientifique Spécialisée. Depuis 2007, cette commission couvre les disciplines de génétique animale et végétale.
• Les ingénieurs sont évalués individuellement par une Commission d'Evaluation des Ingénieurs, en fonction de leur métier.
• Le département a lui-même été évalué du 18 au 20 avril 2005 par une commission internationale de 12 experts. Il sera à nouveau évalué en 2009.

L'évaluation du département

L'objectif est d'estimer la qualité de la production du département, vérifier la pertinence du projet du département par rapport au contexte socio-économique, apprécier la plus-value de la structure département par rapport à la somme des unités qui le constituent.

L’évaluation est conduite sous l’autorité du Collège de Direction et sous le regard du Conseil Scientifique. Le Conseil Scientifique, au vu des conditions de réalisation de l’évaluation, de la méthodologie et des moyens mis en œuvre, assure la Direction Générale de la validité des conclusions de la commission.

Sur présentation des projets de lettre de mission et de composition de la commission d’évaluation par la Direction, le Conseil Scientifique s’assure que les conditions de mises en œuvre - nomination de la commission et missions confiées - sont pertinentes pour que les conclusions de l’évaluation permettent un débat constructif. Il délibère entre autres, des points suivants : le moment auquel intervient l’évaluation, la qualité et la représentativité des membres de la commission,  les indicateurs retenus, l’échéancier des opérations.

Sur présentation du rapport par le Président de la Commission d’évaluation et des réponses du département et de la direction, le Conseil Scientifique se porte garant auprès de la Direction  des conclusions de l’évaluation. Il délibère entre autres des points suivants :  le bon déroulement et le respect de la procédure d’évaluation ;  la qualité des informations apportées par le rapport de la commission d’évaluation et sur les perspectives ouvertes par les conclusions ;  la pertinence des réponses du département et de la Direction par rapport aux recommandations de la commission d’évaluation.