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Les champignons pathogènes des plantes, une source de nouveaux herbicides

Démarré en 2017, le projet HerbiFun rassemble trois laboratoires de recherche publics et l’entreprise De Sangosse pour une durée de 3 ans. Financé par l’ANR, le projet a pour objectif d’exploiter les génomes fongiques et leurs réseaux de régulation pour découvrir des métabolites secondaires qui constitueraient de nouveaux herbicides naturels.

De nombreux produits naturels bioactifs sont des métabolites secondaires (MS) produits par les champignons. Certains, tels que la pénicilline ou la céphalosporine, sont précieux dans le domaine médical. Les champignons  pathogènes de plantes sont aussi capables de produire des MS dont certains pourraient être utilisées comme herbicides. Ces produits naturels phytotoxiques sont essentiellement produits par les champignons au cours de l’infection de leurs hôtes ce qui constitue un frein à leur étude. Optimiser la valorisation de cette bio-ressource est un enjeu majeur pour les entreprises phytopharmaceutiques françaises. En effet, le secteur des herbicides est confronté à un accroissement des phénomènes de résistance qui rend nécessaire le développement d’herbicides possédant de nouveaux modes d’action.

L’objectif du projet HerbiFun est d’activer la production de MS fongiques en conditions de culture in vitro en se basant sur les acquis récents concernant leur régulation génétique et épigénétique. Il s’agit ensuite d’identifier leur structure chimique et de caractériser leurs activités herbicides.

Le projet HerbiFun est composé de quatre actions : (1) Annoter les gènes de synthèse et de régulation du métabolisme secondaire fongique, (2) activer la synthèse de métabolites chez quatre espèces phytopathogènes dans des conditions de cultures in vitro en modulant des régulateurs de la transcription et de la structure chromatinienne, (3) identifier leurs structures chimiques et (4) tester leur phytotoxicité sur un panel de plantes et notamment de mauvaises herbes.

Le projet HerbiFun devrait permettre d’identifier de nouveaux herbicides d’origine naturelle qui pourront faire l’objet de dépôts de brevets et de développements industriels. Il a été labellisé par les pôles de compétitivité Végépolys, Céréales Vallée et Agri Sud-Ouest Innovation. D’un pont de vue fondamental, le projet apportera aussi des connaissances précieuses dans la compréhension des interactions plantes/champignons.