Postes ASC INRA et Contrats Jeunes Scientifiques (CJS)
en "biologie intégrative et modélisation"

Objectifs de recrutement des doctorants (ASC ou CJS) à l'INRA
Les appels à proposition de profils ASC (2005 à 2007) puis CJS (2008) portent sur l'approche intégrée des mécanismes explicatifs d'une fonction biologique, mobilisant des observations expérimentales, notamment celles fournies par les technologies génomiques à haut débit et par des approches de physio-pathologie, de génomique comparative et/ou évolutive, de génétique, mais aussi celles du phénotypage à haut débit. Les méthodes et concepts de la bioinformatique, de la modélisation et des bio-statistiques, appliquées à cet ensemble d'observations, vont permettre de passer d'un niveau d'organisation à un autre, d'un organisme modèle à un organisme d'intérêt agronomique, d'étudier les interactions hôte-pathogènes et génotype-environnement.
Dans ce cadre, l'objectif de recrutement d'ASC et de CJS vise à former des jeunes chercheurs à l'interface entre disciplines "bio" et disciplines "maths-info et modélisation", afin de promouvoir auprès des biologistes l'utilisation de la modélisation et/ou de la bioinformatique. voir par ex l'appel 2008 ...>>

Profils retenus en 2008 :

En 2008, des postes CJS (Contrats Jeunes Scientifiques) ont été ouverts d'une part dans le cadre des collaborations INRA-INRIA, d'autre part dans le cadre de l'Ecole Doctorale "Frontières du Vivant" :

• Modélisation de la croissance des organes floraux   ED 125 Mtpl /BMIC Lyon
  BV INRA/CNRS/ENS-L/UCB-L UMR LRDP J.Traas - BV INRA/CNRS/ENS-L/UCB-L UMR DAP/Virtual Plants C.Godin
  Yassin REFAHI (2008-2011)
• Champs aléatoires de Markov cachés spatio-temporels pour la cartographie du risque en épidémiologie ED MSTII Grenoble
  SA INRA Clermont-Ferrand Theix Epidémiologie Animale M. Charras-Garrido /  INRIA Rhône-Alpes Projet MISTIS S.Girard /
  Lamiaie AZIZI (2008-2011)
• Identification automatique d’espèces végétales : bouclage de pertinence sur des descripteurs locaux d’images  ED Info Paris Sud
  UMR AMAP, INRA-EFPA Montpellier  D.Barthelemy-JF.Molino - Équipe Projet IMEDIA, INRIA Rocquencourt  Nozha Boujemaa-A.Joly
  Wajih Ouertani (2008-2011)
  
• Méthodologie de gestion des ressources génétiques : approche pluridisciplinaire pour une gestion dynamique de la biodiversité au sein des agro-écosystèmes ED FdV
  Centre Koyré. MNHN CP25 Histoire et sociologie des savoirs sur le vivant C.Bonneuil /GAP UMR GV Le Moulon I.Goldringer
  Mathieu THOMAS (2008-2011)
• Non-coding regulatory RNA molecules in Listeria monocytogenes ED FdV
  Institut  Pasteur, Inserm U604, INRA USC2020 (MICA) P.Cossart
  Nina SESTO (2008-2011)
• Modélisation mécanique et biochimique du développement d’un tissu extra-embryonnaire à fonction trophique chez le bovin : le trophoblaste ED FdV                                                                                          
  INRIA Rocquencourt BANG D.Drasdo / INRA MIA Jouy MathCell J.Wang / INRA PHASE BDR I.Hue
  Chadda CHETAOUI (2008-2011)
• Codage de l’information olfactive : rôle de l’oscillation du potentiel de champs et de la synchronisation neuronale ED FdV
  INRA SPE Versailles-Grignon UMR1272, Physiologie de l’insecte (PISC) JP Rospars / NRIA Lorraine CORTEXD, D.Martinez
  Alexandre GREMIAUX (2008-2011)

Profils retenus en 2007 :
Après sélection par un comité scientifique international, 3 ASC sont recrutés dans le cadre de l'Ecole doctorale "Frontières du Vivant" sur les sujets :

• Les contaminants chimiques dans le café : développement de méthodes analytiques et étude de leur biodisponibilité (AgroParisTech AlimH Paris, INRA AlimH Jouy-en-Josas)
  Minale OUETHRANI (2007-2010)
• Impact des éléments transposables sur la dynamique, la structure et le fonctionnement des génomes de céréales (Université Paris VI, INRA DGAP Clermont-Ferrand)
  Thimotée FLUTRE (2007-2010)
  
• Physique du déploiement et du redressement des tiges et des feuilles en croissance primaire en relation avec les signaux de l’environnement (INRA EA Clermont-Ferrand, CNRS MPPU-SPII)
  Renaud BASTIEN (2007-2010)

Profils retenus en 2006 :

Après sélection par les Chefs de Départements de l'INRA et validation par le Collège de Direction, 3 profils ont été retenus sur 21 proposés :

• Modèles multi-organes et multi-espèces du métabolisme des lipides : nouvelles approches mathématiques et validation biologique
  PHASE UMR SENAH Rennes, GA AgroCampus Rennes, SA Toulouse, INRIA SYMBIOSE : Pierre BLAVY (2006-2009)
• Analyse des facteurs limitant la voie des pentoses phosphate chez la levure par une approche intégrée de biologie des systèmes.
  MICA SPO Montpellier, MIA MIG Jouy
• Biologie du système de signalisation cellulaire induit par l’hormone folliculo-stimulante (FSH)
  PHASE PRC Tours, INRIA Rocquencourt (Projets Contraintes et SOSSO2) : Domitille HEITZLER (2006-2009)

Session 2005 :

En 2005 un premier appel à propositions de sujets de thèse avait été lancé sur "l'approche intégrée des mécanismes explicatifs d'une fonction biologique", 3 profils ASC avaient été sélectionnés (sur 35 propositions reçues) :

1. Une approché intégrée de l’étude de la précocité de floraison chez le pois : du réseau de gènes à la plante au champ (Génétique Amélioration des Plantes) Benedicte WENDEN (2005-2008)
2. Analyse fonctionnelle d’un centre d’interactions protéiques (hub) par la combinaison d’approches de la biologie des systèmes (MIcrobiologie et Chaine Alimentaire) Elodie MARCHADIER (2005-2008)
3. Etude par imagerie chimique à haut débit de la dynamique de la paroi végétale au cours de la croissance et la différenciation cellulaire (Biologie Végétale) Aurélie URBAIN (2005-2008)