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La production des fromages au lait cru d’appellation d’origine contrôlée (AOC) met en oeuvre dans les phases de fabrication et d'affinage des flores microbiennes très variées apportées par ensemencement naturel du lait et de la surface des fromages. L’unité de recherches fromagères (URF) d’Aurillac du centre de recherches de Clermont-Theix développe des recherches dont le but est de garantir la sécurité sanitaire des fromages tout en conservant leur diversité sensorielle. Dans cette optique, une de ses priorités est de gérer, par une démarche écologie microbienne, des communautés bactériennes dans toute leur diversité, de la ferme aux fromages affinés. Pour atteindre ces objectifs, l’URF attache une grande importance à la préservation du patrimoine microbien de ces fromages au lait cru aussi bien ex situ par la constitution de collection de consortia microbien ou de souches pures qu’in situ par le maintien de la biodiversité tout au long de la chaîne de production. Ces deux stratégies de préservation bien loin de s’opposer s’enrichissent l’une l’autre.
 
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© Inra, AH. Cain
Fromages AOC Massif Central : Saint-Nectaire et Salers. Affinage de fromage Cantal dans la cave du buron.
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Le patrimoine microbien ex situ : une richesse à conserver...
La collection ex-situ de l’URF s’est constituée depuis 1973 pour répondre à l’inquiétude des professionnels, producteurs de fromages d’AOC du Massif Central, de voir disparaître la biodiversité microbienne à la suite des nécessaires mesures d'hygiène.
Elle vise la conservation, autant que faire se peut, de l’ensemble des individus constituant la communauté microbienne d’un écosystème fromager donné (pâtes et croûtes de fromages d’AOC Salers, Cantal, Saint-Nectaire, bleus d’Auvergne et Roquefort). Ces communautés microbiennes sont conservées sous forme de consortia microbien ou de souches pures après isolement et caractérisation d’un certain nombre d’individus cultivables de cette communauté. Il semblerait que certaines espèces supportent mieux le stress provoqué par les méthodes de conservation sous forme de consortium microbien multi-espèces plutôt que de culture pure.
Ces collections des souches microbiennes rassemblent ainsi :
- des bactéries lactiques appartenant aux genres Lactobacillus, Leuconostoc, Enterococcus, Lactococcus, Pediococcus et Streptococcus thermophilus, Staphylococcus et des bactéries corynéformes (Corynebacterium flavescens, Brevibacterium linens, Brachybacterium tyrofermentans…) ;
- des levures des genres Kluyveromyces, Debaryomyces, Saccharomyces, Yarrowia, Candida, Pichia et Geotrichum ;
- des moisissures du genre Penicillium ou des espèces moins fréquentes du genre Cylindrocarpon (moisissure caractéristique du Saint-Nectaire) ou Gymnoascus (moisissure impliquée dans le «boutonné» caractéristique de la croûte des fromages Cantal, Salers et Laguiole).
Ces souches sont identifiées en combinant des méthodes phénotypiques et des méthodes moléculaires. Leurs aptitudes technologiques, seules ou en association (flaveur, inhibition des pathogènes) sont également caractérisées.
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Fromage AOC Massif Central : Roquefort.
Penicillium roquefortii : développement sur milieu gélosé et observation au microscope optique
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© Inra, N. Mansion, A.H. Cain
et M.C. Le Tarnec
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... pour mieux l’utiliser
Les souches en collection sont sélectionnées pour répondre à la nécessité de maîtriser les technologies tout en préservant la typicité des AOC du Massif-Central. Ainsi, afin de valoriser ces collections, en 1983, l’URF a aidé à la création d'un laboratoire interprofessionnel de production (LIP) de levains essentiellement fongiques au cœur du Massif Central. Ce laboratoire isole et multiplie des souches adaptées à la demande spécifique de certaines fabrications fromagères.
Des outils au service de la diversité in situ
La préservation in situ de la diversité microbienne tout au long de la chaîne de production permet de maintenir une biodiversité microbienne qui garantit la richesse et la diversité sensorielles des fromages traditionnels au lait cru d’AOC. Elle doit s’appuyer sur une démarche rationnelle pour la mise en place des pratiques de production et de transformation du lait visant à favoriser les flores d’intérêt au détriment des flores pathogènes. La gestion de la diversité microbienne du lait jusqu’aux fromages affinés bénéficie au XXIe siècle du développement des techniques de biologie moléculaire. Des techniques telles que la Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) permettent de caractériser in situ, directement dans le lait ou le fromage, les communautés microbiennes propres à chaque produit. Elles ont mis en évidence la présence, dans le lait cru, de bactéries autres que les bactéries lactiques, dont le devenir et le rôle dans les fromages restent mal connus pour l’instant.
Une mutualisation des connaissances au sein d’un réseau
Cette collection fait partie intégrante du réseau des microorganismes d’intérêt laitier (Resomil) et bénéficie ainsi de la mutualisation des connaissances pour assurer la conservation et la gestion des souches et garantir leur innocuité.
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Voir aussi
