| Station robotique automatisée permettantla manipulation de microplaques
dans lesquellessont stockées les bactéries contenant des fragments
du génome des plantes © INRA / B. Ngom Ref. : PCD PCD9030-IMG0175 |
Des fragments de génome
Depuis les années 90, la génomique, ou étude des gènes, est en plein essor et représente un enjeu scientifique majeur. L'étude détaillée de la structure des gènes, de leur expression et de leur fonction a nécessité une batterie de nouvelles méthodes et de nouveaux outils. Parmi ces outils, le découpage du génome en fragments est une phase essentielle à la base de toutes les études. Le moyen usuel de conservation de ces fragments est de les insérer dans une bactérie, le plus souvent Escherichia coli, et de congeler l'ensemble à – 80°C.
Les nombreux programmes de génomique dans le domaine végétal ont entraîné la création et la prolifération de collections de gènes et de fragments de génomes. En 2001, le ministère de la recherche, reconnaissant l'importance stratégique de ces ressources biologiques a mandaté l'INRA pour centraliser les collections des laboratoires français. C'est ainsi qu'a été créé à Toulouse le Centre National de Ressources Génomiques Végétales en 2003 ; il est opérationnel depuis début 2004.
L'objectif du CNRGV est de gérer ces ressources génomiques végétales (concernant des plantes modèles et plantes cultivées) au profit de l'ensemble de la communauté scientifique, en vue d'une valorisation la plus large possible, en mettant en place les procédures de qualité nécessaires à leur multiplication, leur stockage, leur référencement et leur diffusion.
Ainsi, environ 25 000 gènes identifiés et découpés sont déjà à la disposition des scientifiques. Cela leur permet de mener des études visant à déterminer précisément la fonction des gènes d'intérêt agronomique, par exemple : gènes de résistance à des maladies, gènes gouvernant l'architecture ou la nutrition de la plante…
Gènes et biodiversité
La collection de gènes permet également de mieux comprendre la biodiversité du règne végétal. En effet la connaissance de plus en plus approfondie du génome de plusieurs espèces permet de repérer les similitudes et les différences entre les plantes. Ainsi plusieurs gènes gouvernant des fonctions fondamentales sont très bien conservés et sont très semblables d'une plante à l'autre (voire des animaux et jusqu’à l’homme). D’autres, en revanche, sont spécifiques à une espèce donnée et codent une fonction particulière. Enfin, certains sont "orphelins", aucune fonction connue ne leur est attribuée. L’analyse comparative globale des génomes apporte de nouveaux outils pour la compréhension de la diversité et de l’évolution. Aucune plante n'est cultivée dans ce centre de ressources, seuls les fragments de génomes sont conservés. Pour l'instant, les premières collections constituées concernent les génomes de la plante modèle Arabidopsis thaliana, et du piment. D'autres plantes suivront : blé, colza, maïs, tournesol, pois, luzerne, riz, melon, tomate, radis, vigne… Le centre a vocation à s'intégrer dans un réseau européen de centres de ressources pour la génomique en collaboration avec les centres homologues de Berlin, Cambridge et des USA. http://histone.toulouse.inra.fr/cnrgv/index.html
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