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Les recherches de l'Inra sur la sharka

© Inra, V. Decroocq

La maladie de la sharka compromet la pérennité des vergers d’arbres fruitiers à noyau, de l'activité des arboriculteurs et des pépiniéristes. Conscient des enjeux économiques et sociaux liés à la propagation de cette maladie virale, l’Inra conduit depuis de nombreuses années des programmes de recherche qui s’inscrivent aujourd'hui dans le cadre de la Charte nationale de prévention et de lutte contre la sharka.

Ces programmes de recherche sur la maladie de la sharka visent essentiellement à :

Améliorer les méthodes de détection et de diagnostic tant immunologiques – basés sur la reconnaissance antigène/anticorps (productions d'anticorps monoclonaux et de kits de détection Elisa) – que moléculaires (tests PCR), afin d’identifier les diverses souches du virus de la sharka et d'assurer la disponibilité des outils performants nécessaires à la production de plants sains certifiés, à la surveillance du territoire et au programme de lutte par éradication.

Évaluer objectivement les risques par l’analyse de la diversité et de l’évolution des souches virales, par le développement de techniques de typage et de caractérisation de ces souches, par l'étude de leurs propriétés biologiques et épidémiologiques et par l’étude des déterminants de leur pouvoir pathogène. Les travaux de recherche consistent dès lors à évaluer et prédire les risques épidémiques associés au développement de la maladie. Cela pourrait permettre en particulier de mieux comprendre la dynamique de la maladie à l’échelle d’un foyer identifié.

Comprendre la dynamique de la maladie et les facteurs qui l’influencent pour proposer des stratégies de surveillance et de lutte adaptées. Arrêter ou freiner la maladie suppose en effet de comprendre les processus qui conditionnent son développement (spatial et temporel) depuis l’échelle du verger jusqu’à celle du bassin de production.
Les recherches dans ce domaine visent à intégrer des données expérimentales et d’enquêtes obtenues lors de la surveillance sanitaire des vergers. Ces approches nécessitent une collaboration étroite avec les structures en charge de la surveillance et de la lutte. L’exploitation des enquêtes implique la mise en œuvre, l’adaptation et/ou le développement de modèles et de méthodes d’analyse spatiale.
La modélisation des processus de dispersion de la virose à une échelle spatiale cohérente avec les capacités de vol de pucerons se heurte notamment à la difficulté à différencier les flux d’inoculum (inoculum primaire versus dissémination secondaire). Par ailleurs, certaines informations importantes comme la date réelle d’infection et la durée de latence ne sont généralement pas connues. Les approches d’épidémiologie moléculaire ouvrent la perspective de lever ce verrou en utilisant des informations génétiques portées par les populations virales ce qui permet de retracer les événements de dispersion. Un cadre méthodologique permettant de lier informations épidémiologiques et génétiques est en cours de développement.

Développer des variétés résistantes d’abricotiers, de pêchers et de pruniers en s’appuyant sur des programmes de croisement ciblés et sur la recherche de nouveaux géniteurs ou facteurs de résistance. La difficulté majeure vient du nombre limité de sources de résistance identifiées à ce jour chez les différentes espèces sensibles. Pour l'abricotier des croisements pourraient réunir, dans une même variété, des propriétés agronomiques d’adaptation aux conditions françaises de production ainsi qu’une résistance issue des quelques variétés résistantes d’origine nord-américaine, seule résistance identifiée à ce jour. Dans le cas du pêcher, on ne connaît pas de source de résistance : les programmes visent alors l’obtention de variétés résistantes par hybridation avec une espèce voisine résistante à ce virus.
L'exploitation en sélection des sources de résistance polygéniques et complexes identifiées à ce jour n’est envisageable qu’avec le développement de connaissances et d’outils permettant de comprendre les mécanismes mis en jeu, de rationaliser le choix des géniteurs en croisement et d’accélérer et améliorer l’efficacité du processus de sélection variétale. Les chercheurs de l’Inra comptent sur la sélection assistée par marqueurs moléculaires (SAM), une biotechnologie appliquée au végétal, pour faciliter et accélérer les longs programmes de sélection nécessaires. À terme, cette approche devrait déboucher sur l'obtention de variétés présentant de bonnes qualités agronomiques et des résistances de haut niveau au virus de la sharka.
Une partie de ces travaux s'appuie sur des recherches conduites chez l'espèce modèle Arabidopsis thaliana, avec l'espoir de transférer chez les Prunus les données ainsi acquises.
La transgénèse peut également permettre d’exploiter d’autres mécanismes de résistance. C’est actuellement une voie explorée chez le prunier.

Ces différents programmes s’appuient également sur des recherches visant à mieux connaître le virus et ses interactions avec les plantes.
Les résultats obtenus sont régulièrement transférés aux organismes en charge de la lutte.