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Le décryptage de la séquence complète du génome du pommier - 740 millions de paires de bases ; plus de 50 000 gènes identifiés - marque le début d'une accélération sans précédent des analyses génétiques et génomiques réalisables sur cette espèce et sur les espèces apparentées. C'est la première fois qu'est publiée et analysée en détail la séquence complète du génome d’une espèce de la famille des Rosacées, qui comprend de très nombreuses espèces économiquement importantes : poires, pêches, prunes, cerises, abricots, fraises, framboises, roses …
Avec près de 20 kg par an et par habitant, la pomme est le fruit le plus consommé en France. C'est aussi le fruit le plus cultivé dans les régions tempérées. "Cette découverte va avoir un impact important pour améliorer les variétés de pommes et de tous les autres arbres fruitiers de cette famille, car on pourra mieux connaître les gènes responsables de la qualité gustative ou de la résistance aux maladies des fruits," explique Pauline Lasserre, ingénieure d’étude à l'unité mixte de recherche Génétique et Horticulture (UMR GenHort) du centre Inra Angers-Nantes.
Le pommier possède 17 paires de chromosomes alors que d'autres espèces fruitières de la famille des Rosacées comme la pêche, la fraise ou la rose n’en ont qu’entre 7 et 9. Cette augmentation du nombre des chromosomes chez le pommier est due, selon cette étude, à une duplication complète du génome relativement récente (50 millions d'années) dans le génome du Pyreae ancêtre du pommier. L'équipe de chercheurs menée par l'Istituto Agrario di San Michele all'Adige de la fondation E. Mach a analysé près de 13 milliards de données nucléotidiques issues de l'ADN de l'une des variétés de pomme les plus populaires, Golden Delicious. "L'unité GenHort a notamment fourni un descendant haploïde doublé de la variété Golden Delicious qui a été sélectionné par Yves Lespinasse il y a plus de 20 ans à l’Inra d’Angers. Ce matériel végétal très original va faciliter l'interprétation des données de séquence, car la Golden Delicious est une variété hétérozygote, ce qui pose des difficultés importantes pour interpréter le séquençage", détaille Charles-Eric Durel, directeur de recherche à l’UMR GenHort.
Références :
The genome of the domesticated apple (Malus × domestica Borkh.), Nature Genetics, publié en ligne le 29 août 2010. doi :10.1038/ng.654
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