Des micro-organismes qui peuplent notre intestin, la science n’avait qu’une connaissance partielle il y a encore quelques années… L’équipe de Joël a contribué à une réévaluation complète et à la construction d'un référentiel nouveau de cette fameuse "flore", notamment grâce au développement d’outils moléculaires qui permettent de la caractériser dans son ensemble. "Autrefois, nous dépendions de notre aptitude à faire pousser des bactéries en laboratoire, moins de la moitié de la flore était alors prise en compte", nous explique Joël Doré. "Maintenant, nous avons accès à des marqueurs ADN ou ARN de la présence des bactéries dans l’intestin, ce qui nous permet de décrire la microflore de façon très fine et beaucoup plus complète". Grâce à ces nouveaux moyens, l’équipe contribue à une découverte surprenante : chaque individu a sa propre flore. "Alors qu’au niveau enzymatique, l’intestin travaille de manière assez comparable entre individus, il présente une diversité d’espèces totalement différente d’une personne à une autre", nous annonce le chercheur. "De plus, cette flore est assez stable au cours du temps, elle est apparemment résistante à la modification. Même après une prise d’antibiotiques, il semble qu’elle revienne à son profil initial."
De la connaissance fondamentale à ses applications concrètes sur la santé de l’homme
L’étude de l’impact des probiotiques sur l’intestin est une partie importante de l’activité de son équipe. Joël est expert auprès de l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa), qui exige un dossier scientifique pour permettre à un industriel d’avancer une allégation santé pour un produit. Alors, pour nous consommateurs, qui sommes séduits par les yaourts et les probiotiques, est-ce que ça marche vraiment ? "Il y a bien des effets scientifiquement démontrés mais ces effets sont dépendants de la souche bactérienne à laquelle on s’intéresse et pas de l’espèce", précise Joël Doré. "Il faut donc faire une démonstration pour chaque probiotique utilisé. Tous aident à la digestion du lactose, certains améliorent les fonctions motrices de l’intestin, d’autres stimulent l’immunité". Joël Doré travaille également avec des médecins sur les maladies inflammatoires de l’intestin (maladie de Crohn, recto-colite hémorragique), qui empoisonnent la vie d’un grand nombre de personnes en France et dans le monde. "Hormis la prédisposition génétique, on sait qu’un facteur important de développement pathologique de telles maladies est la flore intestinale. On ne sait pas encore quels sont les agents bactériens responsables de l’entretien de ces pathologies chroniques, mais on cherche à déterminer si l’on peut éviter les interventions chirurgicales et leur substituer des traitements plus doux, comme des aliments fonctionnels qui permettraient de rallonger les périodes de rémission entre les crises".
Une ouverture vers l’Europe pour des projets d’envergure
Même si son thème de recherche est peu ou prou le même depuis 20 ans, Joël Doré n’a guère eu le temps de s’ennuyer. Pour preuve, revenons quelques années en arrière… Lors de son stage de DEA de Physiologie animale appliquée à l’Inra en 1983, le jeune Joël Doré est "emballé" : "Par la recherche et le raisonnement intellectuel qui l’accompagne, par une relativement grande liberté d’esprit permise à l’Inra, et bien sûr par mon travail à ce moment-là, une comparaison entre des souches bactériennes pathogènes d’origine humaine et animale". Il passe alors un concours d’entrée à l’Inra, et on lui propose de travailler sur l’écologie microbienne intestinale. Alors qu’il n’est qu’attaché scientifique contractuel, le jeune chercheur se voit proposer un séjour dans une université américaine. L’Inra ne mettra pas de frein face à cette opportunité : "Mon patron a eu l’ouverture d’esprit de me permettre d’y passer 4 ans pour préparer une thèse". L’expérience a porté ses fruits sur de nombreux plans : "Revenu en France, j’ai pu construire mes projets de recherche de manière assez autonome avec des interfaces françaises et européennes en apportant des compétences que j’avais acquises aux États-Unis. J’avais aussi toute latitude pour voyager et pour concrétiser des contacts à l’étranger". Depuis 1992, date à laquelle il dépose son premier projet européen, Joël Doré a développé ses contacts internationaux et a été impliqué dans différents projets d’envergure. "En terme de carrière, c’est intéressant : nous avons des réunions avec nos partenaires, nous confrontons nos travaux… cela conduit à beaucoup d’échanges de savoir-faire".
De chercheur à manager…
Chercheur, conférencier, expert, auteur de publications scientifiques… aujourd’hui, Joël Doré s’occupe en plus d’accueillir des chercheurs français et étrangers et de former des jeunes. Il dit, amusé, qu’il n’a "pas arrêté de changer de métier. Je suis entré à l’Inra comme chercheur, je faisais mes expériences moi-même. Aujourd’hui, j’ai plutôt un métier de manager : j’encadre et je pilote la recherche. J’ai une équipe nombreuse : deux chercheurs, quatre ingénieurs, des techniciens, des stagiaires... C’est une peu 'ma petite entreprise'". Et pour éviter le stress qui guette les managers, Joël Doré s’impose de souffler : "Comme je suis impliqué dans de multiples activités et que mes journées sont bien remplies, je fais un vrai break le week-end, que je consacre à ma famille et à faire de l’escalade et de la course à pied."
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