Accès direct :    Recherche rapide :   OK
L'institut les_partenariats Les recherches les hommes et les femmes La science et vous
La recherche Inra : pourquoi, sur quoi, comment  | Métaprogrammes  | Exemples de recherche  | Annuaires  | Ressources scientifiques
 
 

Imprimer

Envoyer par courriel

Accueil > Les recherches > Exemples de recherche > genome cheval entierement sequence

Communiqué de presse. 06/11/2009

Le génome du cheval entièrement séquencé


Un consortium international de scientifiques associé au Broad Institute du MIT et d’Harvard (USA) publie dans la revue « SCIENCE » la séquence détaillée du génome équin, à laquelle a contribué l’INRA de Jouy-en-Josas. Ce travail apporte des informations pour mieux comprendre la biologie de cette espèce et l’évolution comparée des mammifères. Il aura des applications nombreuses pour les filières équines, en élargissant les outils utiles à la sélection des animaux. La santé et le bien être des animaux pourront aussi être améliorés grâce à l’identification des anomalies génétiques à l’origine de pathologies.
Le détail de ces résultats est publié dans « SCIENCE » du 6 novembre 2009.
 

Fruit de 20 années de travail ayant impliqué plus de 100 scientifiques issus de 20 pays différents le séquençage du génome équin porte à 4 le nombre de génomes d’animaux domestiques entièrement connus après ceux du poulet, du chien et de la vache. Conduit par un consortium international, auquel l’INRA de Jouy-en-Josas a participé dans les phases de cartographie, le séquençage du génome équin a été réalisé en 2006 aux Etats-Unis par le Broad Institute et annoncé officiellement le 7 février 2007. Les étapes complémentaires de mise en forme du séquençage brut initial ont ensuite débuté et ont continué pendant deux ans par l’assemblage1 et l’annotation du génome de ce mammifère périssodactyle2.

Le génome équin s’apparente fortement à celui des autres génomes de mammifères. Il mesure environ 2,7 gigabases (Gb), une taille légèrement inférieure à celle de l’homme (2,9 Gb). L’analyse plus fine de ce génome prédit l’existence d’un peu plus de 20 000 gènes codant pour des protéines dont environ 17 000 sont similaires de gènes de l’Homme, de la souris et du chien. La correspondance avec le génome humain est élevée puisque 17 des 32 chromosomes équins sont similaires à un chromosome humain, bien que des inversions dans l’ordre des séquences soient observées. Les autres chromosomes sont quant à eux similaires à l’assemblage de plusieurs chromosomes humains. Ces données situent le génome équin plus proche de celui de l’homme que ne le sont celui du chien ou de la souris par exemple.
En outre, près de la moitié de sa séquence (46%) est constituée par des séquences répétées.

Le séquençage complet du génome équin, au delà de son intérêt cognitif en termes d’évolution, revêt un caractère appliqué par le développement d’outils d’analyse à haut débit : les puces à ADN3. Le reséquençage partiel du génome équin dans plusieurs races, a permis d’identifier plus d’un million de marqueurs génétiques répartis sur tout le génome et dont 54 000 ont été déposés sur une puce. Ce sont donc 54 000 points de repère qui sont aujourd’hui disponibles en vue de l’identification de régions d’intérêt, notamment celles responsables d’anomalies génétiques.
Grâce à la connaissance de ces régions, et dans certains cas de ces gènes, un profil génétique des individus pourra être facilement établi. La sélection génomique qui consiste à choisir des reproducteurs sur la base de leur valeur génétique prédite à partir de ces marqueurs, pourra ainsi être optimisée. La qualité de l’élevage bénéficiera également de ces avancées technologiques qui permettront de guider objectivement le choix des éleveurs.
Les nombreuses races de chevaux ont été sélectionnées sur plus de deux siècles pour des caractères héréditaires différents tels que le comportement, la taille, la force et la rapidité. Avec l’étude de ces marqueurs, les chercheurs pourront mieux les caractériser et estimer les relations entre elles.
La connaissance du génome pourra également aider à améliorer la santé et le bien-être des chevaux en facilitant l'identification des mutations responsables de pathologies. Désormais, les chercheurs vont s’atteler à développer des outils pour explorer le rôle des facteurs génétiques dans la santé des chevaux, allant des pathologies directement liées à un caractère génétique simple, à des affections multifactorielles soumises à l’environnement.

L'ensemble de la séquence du cheval est entièrement disponible pour les scientifiques de tous pays par l'intermédiaire du site internet : http://genome.ucsc.edu/.

Le Consortium international représente les différentes équipes de recherche en génomique équine financées sur fonds propres. L’INRA, soutenu par les Haras nationaux, a apporté sa contribution à l’établissement de cartes génomiques et à la recherche de marqueurs génétiques. Le Broad Institute, financé par le National Human Genome Research Institute (NHGRI), dépendant du National Institute of Health (NIH), a réalisé le séquençage, l’assemblage et l’annotation du génome équin.

1 L’assemblage consiste à aligner le long des chromosomes l’ensemble de tous les fragments séquencés au hasard et l’annotation à identifier la nature des séquences, notamment celles qui correspondent à des gènes.
2 L’ordre des périssodactyles comprend les équidés, les rhinocéros et les tapirs.
3 Parmi les puces à ADN, on distingue les puces d’expression qui contiennent de courtes séquences de tous les gènes en vue d’évaluer leur niveau d’expression, et les puces de polymorphisme qui détectent les variabilités de la séquence d’ADN entre les individus.

************************************************

Pour en savoir plus :
Consulter le site internet français du consortium : http://dga.jouy.inra.fr/horse.genomics/

Référence :
"Genome sequence, comparative analysis and population genetics of the domestic horse (Equus caballus)"
SCIENCE, 6 novembre 2009, vol. 326, p. 865-867.

Wade CM1,2,3, Giulotto E4, Sigurdsson S5, Zoli M6, Gnerre S1, Imsland F5, Lear TL7, Adelson DL8, Bailey E7, Bellone RR9, Blöcker H10, Distl O11, Edgar RC12, Garber M1, Leeb T11, 13, Mauceli E1, MacLeod JN7, Penedo MCT14, Raison JM8, Sharpe T1, Vogel J15, Andersson L5, Antczak DF16, Biagi T1, Binns MM17, Chowdhary BP18, Coleman SJ7, Della Valle G6, Fryc S1, Guérin G19, Hasegawa T20, Hill EW21, Jurka J22, Kiialainen A23, Lindgren G24, Liu J25, Magnani E4, Mickelson JR26, Murray J27, Nergadze SG4, Onofrio R1, Pedroni S14, Piras MF4, Raudsepp T18, Rocchi M28, Røed KH29, Ryder OA30, Searle S15, Skow L18, Swinburne JE31, Syvänen AC23, Tozaki T32, Valberg SJ26, Vaudin M31, White JR1, Zody MC1,5, Broad Institute Genome Sequencing Platform1, Broad Institute Whole Genome Assembly Team1, Lander ES1, 33, 34, and Lindblad-Toh K1, 5.
1 Broad Institute, 7 Cambridge Center, Cambridge, MA 02142, USA
2 Center for Human Genetic Research, Massachusetts General Hospital, Boston MA 02114 USA
3 Faculty of Veterinary Sciences, The University of Sydney, NSW, 2006 Australia
4 Dipartimento di Genetica e Microbiologia, Università di Pavia, Via Ferrata 1, 27100 Pavia, Italy
5 Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University, Box 582, SE-751 24 Uppsala, Sweden.
6 Dipartimento di Biologia, Università di Bologna, Via Selmi 3, 40126 Bologna, Italy
7 Maxwell H. Gluck Equine Research Center, Department of Veterinary Science, University of Kentucky, Lexington, KY, 40546, USA
8 The University of Adelaide, SA 5005 Australia
9 University of Tampa, 401 W. Kennedy Blvd. Box 3F Tampa, Florida, USA
10 Helmholtz Centre for Infection Research, Braunschweig, Germany
11 Institute of Animal Breeding and Genetics, University of Veterinary Medicine Hannover, Bünteweg 17p, 30559 Hannover, Germany
12 45 Monterey Dr, Tiburon CA USA 94920
13 Institute of Genetics, Vetsuisse Faculty, University of Berne, Bremgartenstrasse 109a. 3001 Berne, Switzerland
14 Veterinary Genetics Laboratory, University of California, Davis, CA USA
15 Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SA, UK
16 Baker Institute for Animal Health, College of Veterinary Medicine, Cornell University, Ithaca, New York 14853, USA
17 The Royal Veterinary College, Royal College Street, London NW1 0TU UK
18 College of Veterinary Medicine, Texas A&M University, College Station, Texas 77843, USA
19 INRA, UMR 1313, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI) Biologie Intégrative et Génétique Equine, bât 440.78350, Jouy-en-Josas, France.
20 Equine Research Institute, Japan Racing Association, 321-4 Tokami-cho, Utsunomiya, Tochigi, 320-0856. Japan
21 Animal Genomics Laboratory, School of Agriculture, Food Science and Veterinary Medicine, University College Dublin, Belfield, Dublin 4, Ireland
22 Genetic Information Research Institute, 1925 Landings Drive, Mountain View, CA 94043, USA
23 Department of Medical Sciences, Uppsala University 75185 Uppsala Sweden
24 Department of Animal Breeding and Genetics, Swedish University of Agricultural Sciences, Box 597, SE-751 24 Uppsala, Sweden
25 Department of Computer Science, University of Kentucky, Lexington, KY, 40506, USA
26 College of Veterinary Medicine, University of Minnesota St. Paul, MN 55108, USA
27 VM-Population Health and Reproduction, University of California Davis CA USA
28 Department of Genetics and Microbiology, University of Bari, Via Amendola 165, 70126, Bari, Italy.
29 Department of Basic Sciences and Aquatic Medicine, Norwegian School of Veterinary Science, N-0033 Oslo, Norway
30 San Diego Zoo’s Institute for Conservation Research, Escondido, Escondido, CA 92029 USA
31 Animal Health Trust, Suffolk, CB8 7UU, UK
32 Department of Molecular Genetics, Laboratory of Racing Chemistry, 1731-2 Tsurutamachi Utsunomiya, Tochigi 320-0851, Japan
33 Department of Biology Massachusetts Institute of Technology Cambridge MA 02142 USA
34 Whitehead Institute for Biomedical Research, 9 Cambridge Center, Cambridge MA 02142, USA NSW 2006 Australia
 
 
Rédacteur :  Service Presse INRA
  Mathilde Maufras, tél : 01 42 75 91 69 ou presse@inra.fr
Contacts : 
Contact scientifique pour la France :

Gérard Guérin
UMR Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI)
Centre de Jouy-en-Josas
tél : 01 34 65 25 77 ou gerard.guerin@jouy.inra.fr

La recherche Inra : pourquoi, sur quoi, comment

Métaprogrammes

Exemples de recherche

Trier par thématique :

Trier par année :
 

Rechercher :

Annuaires

Ressources scientifiques

Siège : 147 rue de l'Université 75338 Paris Cedex 07 - tél : +33(0)1 42 75 90 00 | copyright © INRA 2009 | Crédits | Mentions légales