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Le contexte
Le nombre d'espèces microbiennes (bactérie, eucaryote unicellulaire et virus) estimé dans un gramme de sol est de l'ordre de 100 000 et les interactions entre elles sont innombrables. Les chercheurs commencent seulement à explorer la complexité de ces écosystèmes microbiens (dans les sols, les eaux, les tubes digestifs…)
La métagénomique, apparue en 1996, est une méthode d’analyse qui a révolutionné la connaissance de ces communautés microbiennes. Elle permet d'aborder la génomique de communautés microbiennes dans son ensemble, sans avoir à les cultiver séparément, par le séquençage en masse de l'ADN purifié.
Cela permet de modéliser des écosystèmes encore peu connus, d’en estimer la diversité génétique… Le périmètre du programme comprend : les agro-systèmes, les digesteurs, les aliments et la santé.
L’Inra a participé à de nombreux projets nationaux et internationaux mettant en œuvre la métagénomique (par exemple le projet européen Meta HIT sur les gènes du microbiote intestinal humain). Cependant, la visibilité de l’Institut en regard de la compétition internationale reste à conforter.
Les axes de recherche
- Dépasser les approches descriptives d’inventaire et de caractérisation des répertoires de gènes dans les écosystèmes,
- Développer des pipelines et des méthodes d’analyses communs
- Développer les analyses intégratives de grands ensembles de données
- Intensifier les interactions entre biologie expérimentale et théorique
Les départements Inra concernés
Ce métaprogramme est porté par Emmanuelle Maguin, chef du département Microbiologie et chaîne alimentaire. Une cellule de coordination du programme a été constituée.
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