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Le département MIA intervient dans
4 grands champs prioritaires de l'INRA, correspondant en partie
à des échelles croissantes d'organisation du vivant.
Dans chacun de ces champs, plusieurs thèmes prioritaires
sont identifiés. Le premier de ces champs constitue
un champ thématique. Les trois autres sont regroupés
dans un deuxième champ thématique.
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Bioinformatique, mathématiques et informatique
pour les modèles du gène à l'individu
Ecologie, épidémiologie : la communauté
dans son milieu
Gestion des agro écosystèmes
Alimentation et agro-alimentaire
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Bioinformatique, mathématiques
et informatique pour les modèles du gène à
l'individu
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Il s'agit de développer des méthodes
qui permettent d'atteindre des connaissances biologiques à
l'échelle du génome, à partir d'informations
au niveau de la séquence, mais aussi de données
de nature variées : données d'expression, protéome,
phénotypes etc. L'objectif à terme est d'identifier
le rôle des modèles dans la biologie intégrative.
La bioinformatique n'est plus seulement un accompagnement
de la biologie, mais elle devient prospective et innovante, et
est en position d'émettre des hypothèses que les
biologistes expérimentateurs doivent vérifier.
Les thèmes méthodologiques qui
sont prioritairement mobilisés sont TM4
(face à la quantité formidable de données
issues de la biologie moléculaire, TM6
(face au grand nombre d'état et de paramètres),
TM1
(les réseaux de régulation sont des systèmes
dynamiques très complexes), TM3
(pour l'analyse d'images 2D, 3D ou 4D).
Les thèmes prioritaires
Localisation de régions
fonctionnelles sur les séquences
Annotation fonctionnelle
Détection et localisation
de QTL
Analyse des données d'expression
: transcrits et protéines
Réseaux de régulation
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Ecologie, épidémiologie
: la communauté dans son milieu
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Il s'agit ici de l'échelle de la communauté
d'individus dans son milieu.
Les thèmes méthodologiques qui
sont prioritairement mobilisés sont TM1
(les modèles utilisés sont souvent complexes et
posent des problèmes d'emboîtement d'échelles),
TM2
(les modélisations concernent in fine l'analyse d'un risque
environnemental, de santé animale, végétale
ou humaine), TM3
(les informations sont souvent spatialisées et à
forte variabilité spatiale ou temporelle),
TM5 (de nombreux modèles sont conçus pour la
gestion).
Les thèmes prioritaires
Ecologie
Epidemiologie
Interaction Génotype
X Milieu X Mode de culture
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Gestion des agro écosystèmes
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On est ici à l'échelle du paysage,
et l'intervention humaine est un élément important.
Les thèmes méthodologiques prioritairement mobilisés
sont TM5
(la prise en compte des comportements des acteurs est nécessaire,
et les méthodes de contrôle peuvent jouer un rôle
important dans la gestion de certains systèmes), TM3
(les phénomènes sont toujours spatialisés
à cette échelle), TM1
(les modèles construits à cette échelle intègrent
des processus à des échelles inférieures,
conduisant à des systèmes complexes).
Un thème prioritaire
Gestion des systèmes
de production
En dehors de ce thème, nous travaillons
aussi sur la construction de modèles décrivant l'hétérogénéité
spatiale au niveau de la parcelle, ou sur l'utilisation des données
satellites. D'autre part, nous développons des méthodes
de gestion durable de ressources en eau ou de forêts.
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Alimentation et agro-alimentaire
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Les thèmes méthodologiques prioritairement mobilisés
sont TM2
(bien entendu fondamental pour l'analyse des risques alimentaires),
TM4
(l'afflux massif de données liés à l'instrumentation
des procédés et aux exigences de traçabilité,
pose des problèmes d'intégration, de gestion et
de représentation de données), TM5
(les méthodes de contrôle sont centrales en conduite
de procédé).
Les thèmes prioritaires
Analyse des risques alimentaires
Conception et conduite de procédés
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