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Dans ce contexte, les partenariats scientifiques permettent de développer de nouvelles approches, de mutualiser des moyens et de prendre en compte la dimension mondiale des problématiques.
Les partenariats socio-économiques permettent de percevoir les attentes sociétales pour les intégrer aux réflexions sur les orientations de recherche et de les décliner en programmes et projets de recherche en collaboration avec des organismes professionnels ou des entreprises privées.
Ces partenariats, étendus, diversifiés et renouvelés reposent sur un équilibre entre diffusion libre des connaissances, transmission et utilisation dans la société et protection des bien publics.

Le Département Microbiologie et Chaîne Alimentaire est associé à des partenaires de recherche et de l'enseignement supérieur au travers des unités mixtes de recherche (UMR) et des unités sous contrat (USC). Il participe activement aux appels à projets mis en oeuvre par l’Agence nationale de la recherche (ANR) et aux programmes-cadres européens ; il développe de nombreuses relations avec des partenaires scientifiques internationaux. Il entretient également des liens étroits avec les partenaires économiques grâce à des interactions de partenariat scientifique et de transfert. Il propose un accès à de nombreux outils et plateformes.

La gestion et la coordination de ces collaborations sont confiées à l’adjointe au partenariat du Département. L’ensemble des actions est soutenu par des outils de rapprochement et d’information que sont les publications électroniques ou des manifestations et autres salons auxquels prend régulièrement part le Département MICA.