|
|
 |
|
Communiqué de presse.
02/10/2008
Un premier pas vers le séquençage du génome du blé : la carte physique du plus grand de ses chromosomes
Une équipe internationale menée par des chercheurs de l'INRA de Clermont-Ferrand, Toulouse et Versailles, vient de réaliser la première carte physique d'un chromosome du blé. Ceci constitue un exploit sans précédent : en effet, le blé est une espèce dont le séquençage et l'exploration moléculaire à large échelle étaient considérés jusqu’à présent comme impossibles à cause de la taille et la complexité de son génome. Ces travaux, qui ouvrent la voie au séquençage total du génome du blé, ont été publiés dans la revue « SCIENCE » du 3 octobre 2008.
|
| |
Le blé (Triticum aestivum L.), aliment de base pour 35% de la population mondiale, a une importance économique majeure. Cependant, les outils d'exploration de son génome sont très en retard par rapport à d'autres céréales comme le maïs, le riz ou le sorgho. De ce fait, l'amélioration du blé reste aujourd'hui trop lente au regard des défis que l’agriculture doit affronter. Ce retard est dû à la difficulté d'accès à un génome très particulier: d'une très grande taille (17 milliards de paires de bases, soit 5 fois le génome humain et 40 fois le génome du riz) et composé à 80% de séquences répétées.
Les cartes physiques sont le premier pas indispensable au séquençage des génomes. Les chercheurs de l’INRA et leurs collègues se sont focalisés sur le plus grand des chromosomes du blé, le chromosome 3B, qui compte près d'un milliard de paires de bases. La carte physique qu'ils ont réalisée de ce chromosome est composée d'une série de 1036 groupes de séquences d'ADN appelées contigs. Ces contigs, dont l'ordre a été établi grâce à 1443 marqueurs génétiques, permettent de reconstruire l'essentiel du chromosome 3B. Avant de venir à bout de cette tâche, les chercheurs ont dû faire face à de nombreuses difficultés, inhérentes au génome du blé. En effet, celui-ci est hexaploïde (6 jeux de chromosomes, 42 au total), contient un nombre élevé de séquences répétées et présente une faible variabilité génétique au sein des variétés cultivées.
Les cartes physiques constituent un outil précieux pour localiser rapidement des gènes d'intérêt agronomique et pour mettre au point de nouveaux marqueurs génétiques. Elles permettent l'exploration des régions du génome responsables de caractères d’intérêt agronomique comme le rendement, la qualité et la résistance aux stress. Comme première application de leurs travaux, les chercheurs ont localisé sur la carte physique du chromosome 3B certains gènes importants comme un gène de résistance à la rouille noire, maladie provoquée par un champignon.
Ces travaux ont été réalisés dans le cadre d’un projet pilote du consortium international pour le séquençage du génome de blé (1). Ils démontrent qu'il est possible de construire des cartes physiques pour des génomes complexes et de très grande taille. Ils serviront, dans un premier temps, comme modèle pour l'élaboration des cartes des autres chromosomes du blé et de support au séquençage prochain du chromosome 3B. D'un point de vue plus général, ces travaux constituent un jalon important dans l'analyse du génome d'autres espèces végétales réputées « impossibles ».
(1) IWGSC, www.wheatgenome.org
..............................................................................
Références:
"A physical map of the 1Gb bread wheat chromosome 3B "
SCIENCE, 3 Octobre 2008
Etienne Paux1, Pierre Sourdille1, Jérôme Salse1, Cyrille Saintenac1, Frédéric Choulet1,
Philippe Leroy1, Abraham Korol2, Monika Michalak3, Shahryar Kianian3, Wolfgang Spielmeyer4, Evans Lagudah4, Daryl Somers5, Andrzej Kilian6, Michael Alaux7, Sonia Vautrin8, Hélène Bergès8, Kellye Eversole9, Rudi Appels10, Jan Safar11, Hana Simkova11, Jaroslav Dolezel11, Michel Bernard1 and Catherine Feuillet1
1INRA-UBP, UMR1095, Genetics Diversity and Ecophysiology of Cereals, Clermont- Ferrand, France.
2Institute of Evolution, University of Haifa, Israel.
3Department of Plant Sciences, North Dakota State University, USA
4CSIRO Plant Industry, Canberra, Australia.
5Agriculture and Agri-Food Canada, Cereal Research Centre, Winnipeg, Canada.
6Diversity Arrays Technology Pty Ltd, Yarralumla, Australia.
7INRA-Unité de Recherches en Génomique-Info, Versailles, France.
8INRA-Centre National de Ressources Génomiques Végétales, Toulouse, France.
9International Wheat Genome Sequencing Consortium, Eversole Associates, Bethesda,
USA.
10Centre for Comparative Genomics, Murdoch University, Australia.
11Laboratory of Molecular Cytogenetics and Cytometry, IEB, Olomouc, Czech Republic.
|
| |
| Rédacteur : |
Service Presse INRA |
| |
Sylvie Colleu, 01 42 75 95 55 ou Odile Bernard, 04 73 62 40 35 |
Contacts :
Contacts scientifiques :
- Catherine Feuillet
Tél : 06 74 88 87 73 ou 04 73 62 46 84 ou 43 03
Mél : catherine.feuillet@clermont.inra.fr
- Etienne Paux
Tél : 04 73 62 43 86 ou 43 03
Mél : etienne.paux@clermont.inra.fr
UMR1095 Génétique, diversité et écophysiologie des céréales
Centre INRA de Clermont-Ferrand
Département génétique et amélioration des plantes
|
|
|
|
Rechercher
:
