L'introduction dans l'Union Européenne de parasites et de ravageurs des plantes non indigènes, ainsi que de produits végétaux, peut avoir des conséquences graves pour les échanges transfrontaliers. Certaines méthodes actuelles de détection des organismes de quarantaine présentent plusieurs inconvénients : elles sont souvent limitées à quelques parasites, sont longues à mettre en oeuvre et nécessitent des équipements importants. De ce fait, le besoin existe d'un système générique, rapide et portable pour détecter et identifier les parasites et pathogènes de quarantaine aux points d'entrée sur le territoire.
Un diagnostic moléculaire mis au point
Dans le cadre du projet européen PORTCHECK, les chercheurs de l’INRA, en collaboration avec le Central Science Laboratory (GB) et l’université d’Evora (Portugal) ont développé une méthode de diagnostic moléculaire, incluant l'extraction et la détection de Bursaphelenchus xylophilus (le nématode des pins). Le protocole est basé sur la technologie de la PCR en temps réel, et utilise une instrumentation portable initialement mise au point pour des applications de sécurité civile et militaire. Brièvement, il s’agit d’amplifier une région spécifique du génome du nématode, puis de quantifier la fluorescence émise par l’ADN ainsi amplifié. L’intérêt de cette méthodologie réside dans l’interprétation non ambigüe du résultat, qui se traduit par une réponse de type ’oui-non’. La méthode s’applique à des échantillons de bois prélevés par exemple sur des chargements de troncs importés, ou sur des arbres en zone forestière. De plus, l’équipement portable testé permet d’envisager son utilisation sur site, hors de tout laboratoire d’analyse.
Le nématode du Pin, pathogène majeur des conifères
Le nématode du Pin (Bursaphelenchus xylophilus) est originaire d’Amérique du Nord, où il n’est cependant pas considéré comme pathogène pour les espèces indigènes de conifères. On le rencontre aujourd’hui également en Asie (Japon, Chine, Taïwan). Par exemple au Japon, il est estimé que 30% de la surface totale des forêts de conifères est infectée par le nématode, à la suite de son introduction par le commerce du bois. En Europe, les espèces les plus sensibles sont le pin noir (Pinus nigra), le pin maritime (P. pinaster) et le pin sylvestre (P. sylvestris). Du fait du risque potentiel pour les forêts européennes, B. xylophilus a été classé sur la liste des organismes de quarantaine, et sa découverte en 1999 au Portugal (dans une zone forestière au sud de Lisbonne) a conduit les pays de l’Union Européenne à intensifier les enquêtes et les contrôles phytosanitaires visant à la détection de ce parasite. Il existe plus de 70 espèces de Bursaphelenchus et leur identification morphologique nécessite un haut degré d’expertise. En France, l’espèce la plus fréquente est B. mucronatus, non pathogène mais très proche de B. xylophilus. Des méthodes génétiques récentes d’identification ont été mises au point, mais les protocoles complexes à mettre en œuvre ne permettaient pas d’envisager une utilisation en test de routine. La méthode mise au point aujourd’hui par les chercheurs de l’INRA permet de contourner ces difficultés : elle est simple d’utilisation et ne requiert pas l’expertise d’un spécialiste, comme l’ont démontré les tests interlaboratoires réalisés au cours du projet.
Les recherches actuelles ont pour objectif de comparer la souche de B. xylophilus trouvée au Portugal avec celles présentes en Amérique du Nord et en Asie, afin d’identifier l’origine de l’infestation et retracer les chemins possibles ayant conduit à l’entrée du parasite en Europe. Ces connaissances sont indispensables pour éviter dans le futur de nouvelles introductions via les échanges commerciaux internationaux.
Le projet européen PORTCHECK
Le consortium comprend 39 partenaires de 19 pays différents, parmi lesquels des organismes de recherche, des services officiels d'inspection et 4 PME. La dernière année du projet a été consacrée au test en réseau des protocoles développés, par une sélection représentative de laboratoires compétents appartenant aux services de la Protection des Végétaux et aux organismes de contrôle européens.
Source :
“Satellite DNA as a target for TaqMan real-time PCR detection of the pinewood nematode, Bursaphelenchus xylophilus”
MOLECULAR PLANT PATHOLOGY (2007) 8( 6 ) , 803–809
CECILE FRANÇOIS1, CHANTAL CASTAGNONE1, NEIL BOONHAM2, JENNY TOMLINSON2,
REBECCA LAWSON2, SUE HOCKLAND2, JAMES QUILL2, PAULO VIEIRA3, MANUEL MOTA3 AND
PHILIPPE CASTAGNONE-SERENO1,*
1INRA, UMR1064 Interactions Plantes–Microorganismes et Santé Végétale, 400 route des Chappes, BP167, F-06903 Sophia Antipolis, France
2Central Science Laboratory, Sand Hutton, York YO41 1LZ, UK
3Department of Biology, University of Evora, P-7002554, Evora, Portugal
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