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Comprendre le déterminisme génétique et les mécanismes moléculaires qui contrôlent le développement et la physiologie des graines représente un objectif stratégique dans un contexte de développement d’une agriculture durable dans lequel l’amélioration génétique de la qualité des graines est un élément important. L’étude de la biologie des graines doit permettre d’une part de fournir des marqueurs pour évaluer la qualité des graines et, d’autre part, des outils pour l’amélioration des plantes, que ce soit par sélection classique ou biotechnologique.
Au cours de ces années, avec son équipe, Loïc Lepiniec a identifié et caractérisé la fonction de nombreux gènes impliqués dans la régulation du développement et du métabolisme de la graine. Ils ont notamment identifié des gènes codant pour des régulateurs de l’expression des gènes et des protéines impliqués dans la régulation de la biosynthèse d’huile et de flavonoïdes, polyphénols réputés pour contribuer à prévenir les maladies cardiovasculaires et certains cancers. Ces gènes sont maintenant étudiés et utilisés sur la plante modèle Arabidopsis thaliana ou par d'autres groupes qui travaillent sur des espèces cultivées comme le colza, le maïs, la pomme, la vigne, la fraise, la tomate ou le riz.
Loïc Lepiniec a par ailleurs coordonné plusieurs projets internationaux dont le projet européen FLAVO (2004-2008) ayant des objectifs allant de la compréhension de mécanismes fondamentaux régulant la différenciation cellulaire et le métabolisme secondaire, à la nutrition et la santé humaines, en passant par l'amélioration des plantes et des processus industriels impliqués dans la préparation des aliments.
Il a également contribué à des avancées méthodologiques en génomique en collaboration avec Georges Pelletier de l’unité Génétique et amélioration des plantes à Versailles et Michel Caboche du laboratoire de Génomique végétale à Evry, qui ont un impact international important.
Loïc Lepiniec développe désormais de nouvelles approches biologiques plus intégratives, comme l'étude de réseaux de régulations de l'expression des gènes. L'ensemble de ces travaux contribue à une meilleure compréhension du fonctionnement de la graine et permet d'envisager de le modifier par des voies d'améliorations classiques ou biotechnologiques.
Il est l’auteur d’une cinquantaine de publications scientifiques dans des revues internationales et de quatre brevets.
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