Les recherches sur les plantes et leurs produits mobilisent des équipes ayant des compétences diversifiées et relevant de plusieurs départements :
      
~ "Biologie Végétale" (BV), pour la physiologie, le développement et l’adaptation des plantes, notamment des espèces modèles ;
~ "Génétique et amélioration des plantes" (GAP), pour l’organisation et le fonctionnement des génomes, l’étude des déterminants génétiques de leurs traits et de leurs réponses à des stress, la gestion de leurs ressources génétiques et l’innovation variétale ;
~ "Santé des plantes et environnement" (SPE), pour l’épidémiologie végétale et la santé des plantes cultivées, les interactions avec des organismes pathogènes ou symbiotiques, la conception et l’évaluation de systèmes de culture à bas intrants ;
~ "Environnement et agronomie" (EA), pour l’écophysiologie végétale, la conduite des cultures et la conception de systèmes techniques ;
~ "Ecologie des forêts, prairies et milieux aquatiques" (EFPA), pour les plantes des milieux naturels, notamment les arbres forestiers et les espèces prairiales, les organismes qui leur sont associés, et leurs produits, par exemple le bois et le fourrage ;
 ~ "Caractérisation et élaboration des produits issus de l’agriculture" (CEPIA), pour l’élaboration de la qualité des productions végétales et pour les procédés de transformation ;
~ plus ponctuellement : "Physiologie animale et systèmes d’élevage" (PHASE), pour la valorisation des productions végétales à des fins de la nutrition animale, "Alimentation humaine" (ALIMH), pour les propriétés alimentaires des produits végétaux, "Sciences sociales, agriculture et alimentation, environnement et espace" (SAE2) et "Sciences pour l’action et le développement" (SAD), pour l’analyse des filières de production végétale et de leur place dans le développement territorial, "Mathématiques et informatique appliquée" (MIA), sur des aspects méthodologiques.

Ces recherches sont coordonnées par les directeurs scientifiques "Plante et produits du végétal" (DS PPV),  "Environnement, écosystèmes cultivés et naturels" (DS ECONAT)  et "Nutrition humaine et sécurité des aliments" (DS NHSA) pour ce qui concerne, respectivement, la production et la protection des végétaux, les dimensions environnementales (biodiversité, impacts et services environnementaux des systèmes de productions) et la place des produits du végétal dans l’alimentation humaine.