Les recherches de l’INRA sur les plantes et leurs produits sont menées dans le cadre d’un tissu dense de collaborations scientifiques, qui se déclinent aux plans régional, national, européen et international et qui alimentent, autant qu’elles sont nourries par, des interactions nombreuses avec des partenaires socio-économiques et de façon croissante, avec d'autres porteurs d'enjeux.

Ces collaborations prennent des formes variées : mise en commun de ressources dans des structures mixtes ou fédératives ; conception et conduite conjointes de pojets ; orientation et co-construction de programmes de recherche ; expertises scientifiques collectives et analyses prospectives.

Elles s’appuient sur des interactions et des concertations régulières :
~ avec d'autres organismes de recherche, principalement avec le CIRAD, les départements Sciences du Vivant  et  Environnement et développement durable  du CNRS, l'INRIA et l'IRD ;
~ avec des universités et des écoles d'ingénieur, notamment avec celles qui sont chargées de l'enseignement supérieur agronomique.

Ces collaborations s'organisent notamment autour :
~ de deux fondations de coopération scientifique ;
~ de quelques groupements d’intérêt scientifique (GIS) chargés de la coordination d’actions ou de politiques de portée nationale ;
~ d'Instituts fédératifs de recherche (IFR) au niveau régional ;
~ de plusieurs pôles de compétitivité.

Le partenariat avec des partenaires privés (industriels, développement agricole, milieu associatif, …) s’inscrit dans le cadre de la charte du partenariat. Avec le monde agricole, il s’appuie notamment sur des collaborations avec des instituts et centres techniques agricoles (voir ACTA) ou des industries alimentaires (voir ACTIA), notamment dans le cadre des unités mixtes technologiques (UMT) et des réseaux mixtes technologiques (RMT) dont certains associent d’autres acteurs du développement agricole. Il bénéficie aussi des analyses des « groupes filières ».