Le CNRGV, une banque de ressources génomiques d’intérêt agronomique unique en Europe

Le Centre National de Ressources Génomiques Végétales offre à la communauté scientifique internationale publique et privée des ressources génomiques (banque de grands fragments d’ADN) et des outils innovants pour mener à bien de grands programmes de recherche ambitieux sur l’amélioration d’espèces agronomiques d’intérêt majeur

banque de ressources génomiques d’intérêt agronomique unique en Europe. © Inra, Hélène BERGES

Le Centre National de Ressources Génomiques Végétales (CNRGV) est une infrastructure unique en Europe dédiée à l’étude des génomes de plantes d’intérêt agronomique. Il centralise en un même lieu ressources, compétences et technologies et entretient un partenariat permanent avec la communauté scientifique internationale publique et privée. Plus de 350 laboratoires répartis dans le monde ont déjà fait appel aux ressources du CNRGV et plus de trois millions d’échantillons ont été distribués à travers le monde au cours des cinq dernières années (plus de six millions depuis la création du laboratoire).

Une banque de ressources génomiques d’intérêt

Créé par l’Inra en 2004, le CNRGV regroupe à ce jour plus de 20 millions d’échantillons uniques. Ces ressources sont des banques de grands fragments d'ADN génomique (ou banques de BACs) qui  traitent 34 espèces d’intérêt agronomique. Le CNRGV est par ailleurs centre de référence international pour les ressources génomiques du blé, de l’orge, et de Medicago truncatula.
Les nouvelles technologies de séquençage d'ADN (NGS) ont révolutionné la recherche en génomique, mais cette approche ne suffit pas à déchiffrer la grande complexité des génomes de plantes, complexité qui porte sur de nombreux aspects : leur grande taille, leur polyploïdie, le pourcentage élevé d'éléments répétitifs. Les ressources génomiques générées par le CNRGV sont ainsi des outils précieux pour compléter l'analyse du génome de la plante.
Le CNRGV a développé une expertise dans la construction de ces banques génomiques et dans le stockage de ressources génomiques. Son savoir-faire et ses compétences lui valent d'être impliqué dans de grands projets de recherche nationaux et internationaux.

    Des outils innovants pour décrypter la complexité des génomes végétaux

Après avoir constitué les banques génomiques, le CNRGV a étendu son offre de service au séquençage des génomes et particulièrement au séquençage des régions portant les marqueurs spécifiques reliés à des caractères d’intérêt.
Afin de rester à la pointe des technologies actuelles, le CNRGV s’adapte et évolue en permanence en développant de nouvelles solutions. Des progrès significatifs dans l'isolement de gènes d'intérêt agronomique ont ainsi été réalisés, permettant l’amélioration d’espèces végétales de grande culture telles que  le blé ou le tournesol.
Le CNRGV s’est également doté d’une technologie permettant de générer des cartes optiques : en établissant une carte de restriction à haute résolution d’un génome complet, cette technologie permet d’obtenir rapidement une image structurale unique de l’ensemble d’un génome. Ses applications sont multiples et  permettent d’accélérer l’assemblage d’un génome et la comparaison de génomes végétaux pour identifier des variations structurales.

Veille et transfert technologique pour faciliter la connaissance des génomes végétaux

Le CNRGV a également pour mission d’assurer une veille et un transfert technologique, permettant aux entreprises et aux laboratoires publics d’acquérir les nouvelles technologies liées à l’analyse des génomes. Certaines étapes dans l’utilisation des banques génomiques étant  longues et incertaines, le CNRGV développe une approche alternative qui permet de s’affranchir de ces étapes limitantes comme le clonage de l’ensemble d’un génome. Pour cela, il utilise une approche innovante basée sur la méthode CrispR* afin de cibler directement la ou les régions d’intérêt, ce qui permettrait d’accélérer la connaissance des génomes végétaux et de relier plus rapidement un phénotype à un génotype.

Le CNRGV est certifié ISO 9001 et labellisé centre de ressources biologiques (CRB NF S96-900).

*cf publication : Jiang W, Zhao X, Gabrieli T, Lou C, Ebenstein Y, Zhu TF. Cas9-Assisted Targeting of CHromosome segments CATCH enables one-step targeted cloning of large gene clusters (2015) Nat Commun.: 8101. doi: 10.1038/ncomms9101)

Méthode CrispR-Cas9, comment ça marche? : lire l'article

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

  • Hélène BERGES Centre National de Ressources Génomiques Végétales - US1258 CNRGV - INRA 24 Chemin de Borde Rouge-CS 52627-31326 Castanet Tolosan
Département(s) associé(s) :
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Biologie et amélioration des plantes
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Occitanie-Toulouse