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Un regard neuf sur les agents pathogènes transmis par les tiques et sur leur dépistage

Utilisant le séquençage haut-débit (NGS), les chercheurs de l’INRA travaillent à une meilleure identification des agents pathogènes, y compris nouveaux, portés par les tiques. Ainsi le danger que représentent les maladies transmises par les tiques sera mieux évalué … pour mieux protéger hommes et animaux !

Vue ventrale à la loupe binoculaire de tiques du mouton (Ixodes ricinus), femelle à gauche , mâle à droite.. © Inra, FILIPUTTI delphine
Mis à jour le 14/10/2016
Publié le 08/09/2015

Depuis de nombreuses années, médecins et vétérinaires constatent régulièrement l’apparition de maladies liées à des morsures de tiques mais dont le diagnostic étiologique - c’est-à-dire l’identification de l’agent pathogène responsable - est impossible à établir. Les tiques sont connues pour être des vecteurs (ou transmetteurs) de maladies pour l’homme et l’animal (le deuxième par ordre d’importance au niveau mondial après les moustiques et le premier en Europe). Ces maladies dites vectorielles peuvent être aussi des maladies émergentes, c’est-à-dire nouvelles dans nos régions. En France, le coût des maladies transmises par les tiques dans les élevages est estimé à 35 millions d’euros par an. Bien qu’un certain nombre d’agents pathogènes (bactéries, protozoaires et virus) soient déjà connus pour être transmis par cet arthropode, de nouveaux agents sont constamment décrits (le dernier en date étant le virus de Bourbon, virus mortel identifié en 2015 aux USA). Dans ce contexte impactant la santé animale comme la santé humaine, il est urgent de répertorier dans une approche One Health / Une seule santé l’ensemble des micro-organismes hébergés par les tiques, et parmi eux, ceux qui sont responsables de maladies chez l’homme et/ou l’animal.

Explorer le microbiote de la tique à l’aide du séquençage haut-débit

Les chercheurs de l’INRA, de l’Anses, de l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort, de la société Pathoquest et de l’Institut Pasteur au sein de l’UMR BIPAR, ont exploré l’ensemble des micro-organismes présents (c’est-à-dire le microbiote) chez les tiques à l’aide du séquençage haut-débit ou NGS (Next Generation Sequencing). Le séquençage haut-débit, associé à la bioinformatique et à l’utilisation de bases de données de séquençage (big data), permet d’identifier des séquences de bactéries, virus, et parasites et de les assigner à des espèces connues ou encore inconnues. Le NGS permet de contourner les difficultés de mise en culture d’organismes inconnus (composition des milieux de culture, besoin en oxygène, …), ou l’impossibilité de mise en évidence de bactéries inconnues par PCR spécifiques. Rapide et fiable, cette technologie est en passe de révolutionner le domaine du diagnostic.

De nouveaux micro-organismes identifiés

Les chercheurs ont extrait l’ensemble des ARN (acides ribo-nucléiques) – témoins de la présence de micro-organismes viables – de tiques (Ixodes ricinus) prélevées en Alsace et dans les Ardennes françaises. Les ARN séquencés (sur Illumina HiSeq2000) ont permis de dresser un tableau d’ensemble des micro-organismes  - bactéries, virus et protozoaires - présents chez les tiques. C’est ainsi qu’ils ont pu mettre en évidence la présence inattendue des bactéries Borrelia miyamotoi  et Neoehrlichia mikurensis, toutes deux associées à des fièvres sévères, et de nouvelles espèces de parasites Babesia et Theileria potentiellement associées à des maladies. De nombreux nouveaux virus identifiés dans ces tiques sont en cours de caractérisation.

Ces travaux ont permis de dresser un portrait précis des micro-organismes associés aux tiques. Cette connaissance est d’autant plus importante qu’on sait aujourd’hui que dans la majorité des cas une même tique héberge plusieurs agents, tous susceptibles d’être transmis. Les chercheurs travaillent aujourd’hui à identifier le degré de pathogénicité de chacune des espèces bactériennes, virales ou parasitaires identifiées. Ces micro-organismes seront complètement séquencés. De ces recherches découlera le développement d’outils de prévention et de futurs tests de dépistage et de diagnostic. Pour exploiter ces résultats, quelques partenariats avec des acteurs industriels sont déjà prévus et les scientifiques souhaitent développer des relations avec des industriels du secteur de la santé humaine et/ou animale.

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

  • Muriel VAYSSIER-TAUSSAT (33 (0)1 4977 4655) UMR Bipar, INRA-Anses-ENVA-Laboratoire de Santé Animale-14 Rue Pierre et Marie Curie-94706 Maisons-Alfort
Département(s) associé(s) :
Santé animale
Centre(s) associé(s) :
Jouy-en-Josas

En savoir plus

  • Vayssier-Taussat M, Moutailler S, Michelet L, Devillers E, Bonnet S, Cheval J, et al. (2013) Next Generation Sequencing Uncovers Unexpected Bacterial Pathogens in Ticks in Western Europe. PLoS ONE 8(11): e81439. doi:10.1371/journal.pone.0081439
  • Bonnet, S., Michelet, L., Moutailler, S., Cheval, J., Hébert, C., Vayssier-Taussat, M., & Eloit, M. (2014). Identification of parasitic communities within European ticks using next-generation sequencing. PLoS Negl Trop Dis, 8(3), e2753.
  • Vayssier-Taussat, M., Cosson, J. F., Degeilh, B., Eloit, M., Fontanet, A., Moutailler, S., ... & Zylbermann, P. (2015). How a multidisciplinary ‘One Health’ approach can combat the tick-borne pathogen threat in Europe. Future Microbiology, 10(5), 809-818.