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Les différentes espèces qui habitent un même milieu ont de multiples relations les unes par rapport aux autres :
- des relations alimentaires : les végétaux sont consommés par des animaux, eux-mêmes nourrissant d’autres animaux. Les microorganismes qui décomposent la matière organique produisent, à leur tour, des nutriments pour les végétaux ;
- des relations de coopération : symbioses mycorhiziennes, pollinisation ou dissémination de graines par les animaux ;
- des relations antagonistes : compétition pour l’utilisation d’un même milieu, parasitisme.
L’espèce humaine est impliquée dans ces relations au même titre que les autres. Sa vie dépend de la satisfaction des besoins quantitatifs et qualitatifs de son alimentation d’omnivore nécessitant diversité et abondance d’espèces, domestiquées ou non ; sa santé dépend des microorganismes qui peuvent l’habiter ou l’envahir, éventuellement par l’intermédiaire d’autres espèces, avec des effets bénéfiques ou néfastes.
S’intéresser à l’ensemble des relations au sein des communautés d’espèces et entre ces espèces et leur environnement revient à étudier des écosystèmes.
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Qu’est-ce qu’un écosystème ?
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Un écosystème se définit par une communauté d’organismes vivants - la biocénose -, l’environnement dans lequel ils vivent - le biotope - et les interactions des organismes entre eux et avec leur environnement. Il se caractérise par une combinaison d’espèces végétales, animales et microbiennes. Chaque organisme vivant y exerce des fonctions distinctes : production, consommation, décomposition, etc. Ainsi pour définir un écosystème, on peut décrire ses groupes fonctionnels, c’est-à-dire ses ensembles d’espèces différentes qui accomplissent une même fonction. Les écosystèmes étudiés à l’Inra sont très variés et très différents : prairie, haie, tronc d’arbre, champ cultivé, sol, forêt, lac mais aussi fromage ou tube digestif animal ou humain.
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La diversité des écosystèmes contribue à la richesse du vivant. L’équilibre des écosystèmes repose sur le nombre des espèces constitutives des groupes fonctionnels. Lorsqu’un milieu est modifié par une nouvelle technique culturale, par l’introduction d’une espèce, par une pollution, par le réchauffement climatique, etc. c’est tout un équilibre qui est affecté. Il est difficile d’enrayer les conséquences qui peuvent s’enchaîner : disparition d’espèces, prolifération d’espèces étrangères. Le milieu en tant que tel peut même disparaître : c’est d’ailleurs actuellement la première des causes d’érosion de la biodiversité.
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