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Agents des fermentations et de nombreuses transformations alimentaires, pathogènes ou bénéfiques à la santé animale et humaine, parasites ou symbiotes des plantes, agents de la qualité de l’eau et des sols, les microorganismes sont présents dans la plupart des écosystèmes avec des rôles diversifiés. Leur biodiversité est encore mal connue. L’Inra l’étudie afin de mieux comprendre son rôle au sein des écosystèmes dans l'agriculture, l'alimentation et l'environnement. Certains microorganismes, qui peuvent être isolés et cultivés sur milieu nutritif, sont conservés en collections. L’Inra a ainsi constitué de nombreuses collections qui permettent : - de préserver un patrimoine historique de l’artisanat et de l’industrie ;
- de servir de ressource pour des innovations ;
- ou qui ont un intérêt scientifique pour mieux comprendre le rôle des microorganismes et mettre au point des méthodes de lutte contre les pathogènes.
Certains microorganismes ne peuvent pas être isolés et cultivés en milieu artificiel. Il faut alors les étudier dans le milieu ou l’organisme qui les héberge. L’Inra mis au point des dispositifs d’étude adaptés tels que les outils moléculaires. Ces derniers ont permis de progresser dans l’identification des espèces microbiennes et, en même temps, révélé une très grande diversité au sein des espèces. Avec des populations très nombreuses - les microorganismes représentent la biomasse la plus importante de la terre, des échanges génétiques fréquents au sein et entre les espèces, les microorganismes s’adaptent et évoluent rapidement face aux pressions de sélection.
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