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Le projet SharCo, coordonné par l’Inra, a été sélectionné dans le cadre du 7e programme cadre européen de recherche et développement, avec un budget total de 4 millions d'euros. Au terme de 4 ans de recherches (2008-2012), il doit permettre de proposer des procédures de gestion de la maladie et du risque qu’elle présente en appui aux directives européennes. Il implique 17 partenaires de 12 pays européens et d’Amérique du Nord.
La philosophie du projet est de combiner des solutions génétiques et prophylactiques pour prévenir ou limiter la dissémination du virus. Ce projet implique toute la chaine de la production, de la production de plants pour les pépiniéristes aux modes de conduite du verger. Il s’adresse à tous les acteurs de la filière, des producteurs aux pépiniéristes ainsi qu’aux services de la protection des végétaux, avec des résultats attendus concernant les variétés résistantes, les règles de gestion des foyers, la surveillance et les méthodes et outils de détection de la maladie. Cette double approche devrait permettre de s’attaquer aux problèmes soulevés tant par la grande variabilité du virus (due aux mutations et recombinaisons) que par les risques potentiels accentués par la libre circulation du matériel végétal à l’intérieur de l’Union européenne (UE).
Trois axes de recherche
L’objectif stratégique de SharCo est de fournir à l’UE de nouvelles méthodes et outils dans les domaines de l’épidémiologie, de l’agronomie et de la biologie du virus et de sa plante hôte :
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Epidémiologie
Il s’agit de mettre en place de nouvelles méthodes pour surveiller et combattre les épidémies en identifiant les facteurs favorables à la dissémination du virus, à sa diversification, tout en développant de nouveaux systèmes pour détecter, évaluer et prévenir l’apparition ou l’introduction de nouvelles souches virales.
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Biologie
De nouveaux outils génétiques et biotechnologiques en vue d’accroître la résistance des plantes seront développés. Ceci signifie l’identification de marqueurs moléculaires liés à la résistance, la mise en place de la sélection assistée par marqueurs (SAM) afin d’accélérer le processus d’amélioration pour la résistance et le développement de nouvelles approches biotechnologiques, complémentaires de l’approche génétique, afin de renforcer la résistance durable au virus.
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Agronomie
Une aide sera apportée aux utilisateurs finaux notamment mais pas exclusivement aux améliorateurs, pépiniéristes et arboriculteurs, pour profiter des résultats du projet. Il s’agira non seulement de proposer de nouvelles règles de conduite destinées à réduire de façon sensible la dissémination du virus au niveau des pépinières et des vergers, mais également de mettre en place un système d’analyse et de gestion du risque destiné à prévenir et adapter les mesures lors de l’apparition de nouveaux foyers ou de nouvelles souches.
Identification de la diversité du virus et des processus de dissémination
La découverte récente, dans les pays voisins de l’UE (Moldavie, Turquie, Serbie), de variants du virus très différents, indique que des études doivent être réalisées afin d’évaluer la distribution et la diversité du virus. Dans ce cadre, il s’agira de :
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Caractériser l’émergence de nouveaux variants, en développant des outils de typage à haut débit pour permettre le développement d’un système d’alerte rapide lors de l’émergence de ces variants et pour éventuellement en tracer l'origine. Des modèles d’émergence seront proposés et discutés, ils permettront d’améliorer la prévention.
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Caractériser les processus de dissémination en s’appuyant sur la caractérisation de la diversité du virus et de ses propriétés épidémiques. Des modèles et scénarios d’épidémies seront développés et évalués.
Identification et manipulation de gènes et loci contrôlant la résistance à la sharka
L’amélioration de la résistance au virus rencontre les difficultés propres à l’amélioration des plantes pérennes dont le cycle reproductif est long. À cela s’ajoutent des procédures longues et difficiles (jusqu’à 4 ans) d’évaluation de matériel résistant. Les partenaires du programme SharCo développeront des outils moléculaires liés aux caractères de résistance. Ces outils seront ensuite utilisés pour accélérer la sélection de jeunes semis améliorés, résistants au virus de la sharka. Ils permettront de s’affranchir, tout au moins en partie, des procédures d’évaluation de cette résistance.
Bien que des sources naturelles de résistance aient été trouvées dans certaines espèces de Prunus, elles sont en nombre limité. Pour diversifier les mécanismes de résistance contre la sharka, de nouvelles stratégies basées sur la biotechnologie et sur une meilleure compréhension des interactions du virus avec sa plante hôte seront testées durant le projet. Ainsi, des protéines de la plante nécessaires à l’infection virale ont déjà été identifiées, des stratégies interférant avec l’infection du virus seront développées. De même, des protéines de plantes interférant avec l’infection virale et encore inconnues seront recherchées dans les plantes modèles Arabidopsis thaliana ou Nicotiana benthamiana ; elles seront à terme transférées aux Prunus pour évaluer leur capacité à conférer la résistance au Plum pox virus chez ces hôtes. Des stratégies complémentaires seront également évaluées, en particulier l’expression d’anticorps recombinants. La suite de cette partie du projet sera le développement d’approches d’amélioration, traditionnelles ou innovantes, pour produire des résistances durables au virus.
Outils et stratégies pour limiter les épidémies
Des stratégies de contrôle autres que les traitements conventionnels doivent être recherchées, soit par la plantation de matériel résistant, soit par l’utilisation de stratégies innovantes afin de réduire l’incidence du virus en pépinière et verger. L’un des objectifs du projet sera de développer des normes de tests et de certification des plants sains propagés à partir des plants mères, normes étendues à l’ensemble des pays européens, dont les nouveaux pays entrants. Une partie de l’effort de recherche sera aussi utilisée pour comprendre les processus de dissémination en pépinière et de verger à verger, dans un territoire donné. Ces connaissances seront utilisées pour construire des modèles épidémiologiques et pour élaborer des stratégies de gestion de la maladie. De nouvelles stratégies de contrôle du virus en pépinière et verger seront évaluées et combinées pendant le projet. C’est le cas des traitements aux huiles minérales en pépinière qui interfèrent efficacement sur la vitesse de dissémination de virus transmis par pucerons sur le mode non-persistant. Ces nouvelles stratégies feront partie du système de gestion des risques, proposé à la fin du projet.
Formulation de règles pour contenir la maladie
L’objectif pratique final de SharCo est d’aboutir à la formulation de règles de culture et de commerce et de faire des propositions aux organismes en charge des contrôles : agences européennes de réglementation, services de la protection des végétaux, pépiniéristes, arboriculteurs et représentants des filières Fruits. De même, des normes de certification au niveau européen sont requises pour garantir une production sans Plum pox virus et le commerce des plants et greffons sains. Ces normes et règlements seront élaborés et améliorés en accord avec les services concernés.
Instituts et pays partenaires :
Institut national de la recherche agronomique, Inra, (France),
AgroBio institute, ABI, (Bulgarie),
Universitatea de Stiinte Agronomice si Medicina Veterinara Bucuresti, USAMV, (Roumanie),
Consejo Superior de Investigaciones Científicas, CSIC, (Espagne),
Consiglio Nazionale delle Ricerche-Istituto di Virologia Vegetale, CNR-IVV, (Italie),
Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias, IVIA, (Espagne),
Instytut Sadownictwa i Kwiaciarstwa Skierniewice, ISK, (Pologne),
Mustafa Kemal University, MKU, (Turquie),
Crop Research Institute, CRI, (République Tchèque),
Technische Universität München, TUM, (Allemagne),
Institute of Virology, SAVBA, (Slovaquie),
Fruit Research Institute, FRI, (Serbie),
Agricultural Research Service, ARS, (USA),
Fruit Growing Institute, FGI, (Bulgarie),
Statiunea de Cercetare-Dezvoltare pentru Pomicultura Bistrita, SCDP, (Roumanie),
Università degli Studi di Milano, UMIL, (Italie),
Mendel University of Agriculture and Forestry, MUAF, (République Tchèque)
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Voir aussi
